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万見
- EMDB-9705: Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9705
タイトルCryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii extra small virus (XSV) VLP
マップデータThe cryo-EM map of XSV-VLP
試料
  • ウイルス: Viruses (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii extra small virus
機能・相同性viral nucleocapsid / Nucleocapsid protein CP17
機能・相同性情報
生物種Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス) / Viruses (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang CH / Lin HH / Wu YY / Chang WH
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)MOST 103-2321-B-001-048, MOST 104-2321-B-001-019, MOST 105-2321-B-001-009, MOST 106-0210-01-15-02, MOST 106-0210-01-15-04, MOST 107-0210-01-19-01, MOST 107-0210-01-19-02 台湾
Academia Sinica (Taiwan)Grand Challenge project, Nanoscience program, Thematic program AS-103-TP-B12 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii extra small virus (XSV) VLP
著者: Wang CH / Lin HH / Wu YY / Chang WH
履歴
登録2018年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jja
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6jja
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The cryo-EM map of XSV-VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.38343602 - 0.58749646
平均 (標準偏差)0.0014456568 (±0.03443572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-159-159-159
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8550.8550.855
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.600273.600273.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-159-159-159
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.3830.5870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Viruses

全体名称: Viruses (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Viruses (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii extra small virus

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超分子 #1: Viruses

超分子名称: Viruses / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10239 / 生物種: Viruses / Sci species strain: Taiwan / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Host system生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
分子量理論値: 1.146 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: nucleocapsid protein CP17 / 直径: 188.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergi...

分子名称: Capsid protein of giant freshwater prawn Macrobrachium rosenbergii extra small virus
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
株: Taiwan
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MNKRINNNRR TMRSRRGRGR TMGSNLIPYA NSPVPIPYTP PVTPVTVIGN PRKTTWIDID LSSEESGIYT LTVGSYRNRI TKLGPSKPNF IIEKVAAYAA PGDYKVVLND FKTGIQVVDE GSYAHRAAAG ILYPPAAQMF YGISATGTLN TITTTAKDPV PVVRALVTYW DSEQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式
50.0 mMTris
50.0 mMNaCl
1.0 mMCaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The XSV-VLPs was purified by 10-25% sucrose density gradient

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 93.0 K / 最高: 103.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 998 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode with 65 frames within 5 second
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.03 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.51 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10755
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.0), Gctf)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio 3D model reconstruction by cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 10755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.0), cryoSPARC (ver. 2))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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