+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9661 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 17A ZPC cryoEM map of Eh V-ATPase | |||||||||
マップデータ | 17A ZPC cryoEM map of EhV-ATPase | |||||||||
試料 |
| |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsunoda J / Song C / Imai FL / Murata T / Ueno H / Iino R / Takagi J / Murata K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Off-axis rotor in Enterococcus hirae V-ATPase visualized by Zernike phase plate single-particle cryo-electron microscopy. 著者: Jun Tsunoda / Chihong Song / Fabiana Lica Imai / Junichi Takagi / Hiroshi Ueno / Takeshi Murata / Ryota Iino / Kazuyoshi Murata / 要旨: EhV-ATPase is an ATP-driven Na pump in the eubacteria Enterococcus hirae (Eh). Here, we present the first entire structure of detergent-solubilized EhV-ATPase by single-particle cryo-electron ...EhV-ATPase is an ATP-driven Na pump in the eubacteria Enterococcus hirae (Eh). Here, we present the first entire structure of detergent-solubilized EhV-ATPase by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) using Zernike phase plate. The cryo-EM map dominantly showed one of three catalytic conformations in this rotary enzyme. To further stabilize the originally heterogeneous structure caused by the ATP hydrolysis states of the V-ATPases, a peptide epitope tag system was adopted, in which the inserted peptide epitope sequence interfered with rotation of the central rotor by binding the Fab. As a result, the map unexpectedly showed another catalytic conformation of EhV-ATPase. Interestingly, these two conformations identified with and without Fab conversely coincided with those of the minor state 2 and the major state 1 of Thermus thermophilus V/A-ATPase, respectively. The most prominent feature in EhV-ATPase was the off-axis rotor, where the cytoplasmic V domain was connected to the transmembrane V domain through the off-axis central rotor. Furthermore, compared to the structure of ATP synthases, the larger size of the interface between the transmembrane a-subunit and c-ring of EhV-ATPase would be more advantageous for active ion pumping. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9661.map.gz | 28.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9661-v30.xml emd-9661.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9661_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9661.png | 44.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9661 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9661 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9661_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9661_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9661_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9661 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9661 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 17A ZPC cryoEM map of EhV-ATPase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.992 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterococcus hirae V-ATPse
全体 | 名称: Enterococcus hirae V-ATPse |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Enterococcus hirae V-ATPse
超分子 | 名称: Enterococcus hirae V-ATPse / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 800 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
糖包埋 | 材質: ice |
グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
温度 | 最低: 76.0 K / 最高: 76.0 K |
特殊光学系 | 位相板: ZERNIKE PHASE PLATE エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 5120 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.4 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-75 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 665 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.25 µm / 倍率(補正後): 32129 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.25 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |