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- EMDB-9547: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9547
タイトルIPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex
マップデータIPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex
試料
  • 複合体: CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold
機能・相同性
機能・相同性情報


limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon ...limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon / striatum development / juxtaparanode region of axon / adult behavior / transmission of nerve impulse / social behavior / positive regulation of gap junction assembly / axolemma / prepulse inhibition / voltage-gated potassium channel complex / neuron projection morphogenesis / learning / synaptic membrane / brain development / cerebral cortex development / neuron projection development / protease binding / perikaryon / transmembrane transporter binding / cell population proliferation / early endosome / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Contactin-associated protein-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S ...Lu Z / Reddy MS / Liu JF / Kalichava A / Liu JK / Zhang L / Chen F / Wang Y / Holthauzen LM / Seshadrinathan S / Zhong XY / Ren G / Rudenko G
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental HealthR01MH077303 米国
Department of Energy (United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Molecular Architecture of Contactin-associated Protein-like 2 (CNTNAP2) and Its Interaction with Contactin 2 (CNTN2).
著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / ...著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / Xiaoying Zhong / Gang Ren / Gabby Rudenko /
要旨: Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum disorder, intellectual disability, and language delay. We reveal here by electron microscopy that the architecture of CNTNAP2 is composed of a large, medium, and small lobe that flex with respect to each other. Using epitope labeling and fragments, we assign the F58C, L1, and L2 domains to the large lobe, the FBG and L3 domains to the middle lobe, and the L4 domain to the small lobe of the CNTNAP2 molecular envelope. Our data reveal that CNTNAP2 has a very different architecture compared with neurexin 1α, a fellow member of the neurexin superfamily and a prototype, suggesting that CNTNAP2 uses a different strategy to integrate into the synaptic protein network. We show that the ectodomains of CNTNAP2 and contactin 2 (CNTN2) bind directly and specifically, with low nanomolar affinity. We show further that mutations in CNTNAP2 implicated in autism spectrum disorder are not segregated but are distributed over the whole ectodomain. The molecular shape and dimensions of CNTNAP2 place constraints on how CNTNAP2 integrates in the cleft of axo-glial and neuronal contact sites and how it functions as an organizing and adhesive molecule.
履歴
登録2016年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2016年10月19日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9547.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9547.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å		0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å		0.94 Å/pix.
x 256 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 1
最小 - 最大-2.1355312 - 2.6420445
平均 (標準偏差)-0.026938012 (±0.2737321)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 240.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.940.940.94
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.640240.640240.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.1362.642-0.027

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添付データ

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追加マップ: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 -...

ファイルemd_9547_additional_1.map
注釈IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex, additional map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 -...

ファイルemd_9547_additional_2.map
注釈IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex, additional map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 -...

ファイルemd_9547_additional_3.map
注釈IPET 3D reconstruction of a single CNTNAP2 - 1.8 nm nanogold complex, additional map #3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold

全体名称: CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold
要素
  • 複合体: CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold

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超分子 #1: CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold

超分子名称: CNTNAP2 bound to 1.8 nm nanogold / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in ...詳細: Human contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) ectodomain (or fragments) with a C-terminal ASTSHHHHHH tag were produced using baculovirus-mediated overexpression in High Five cells in Insect-XPRESS+L-Glutamine medium (Lonza).
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: baculovirus

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.005 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO3Tris
100.0 mMNaClsodium chloride
3.0 mMCaCl2calcium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranium formate / 詳細: 1% (w/v) uranyl formate
グリッドモデル: EMSCF, 200-Cu / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細This sample was monodisperse.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Zeiss in-column Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 125000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET / 使用した粒子像数: 89
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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