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- EMDB-9357: Outer Membrane Cytochrome S Filament from Geobacter Sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9357
タイトルOuter Membrane Cytochrome S Filament from Geobacter Sulfurreducens
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire
    • タンパク質・ペプチド: C-type cytochrome OmcS
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードConductive / filament / nanowire / SIX-HEME MULTIHEME C-TYPE CYTOCHROME / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性: / Multiheme cytochrome superfamily / anaerobic respiration / cell outer membrane / electron transfer activity / cell surface / metal ion binding / C-type cytochrome OmcS
機能・相同性情報
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / Geobacter sulfurreducens (strain ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA) (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Filman DJ / Marino SF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentN00014-16-1-2526 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM reveals the structural basis of long-range electron transport in a cytochrome-based bacterial nanowire.
著者: David J Filman / Stephen F Marino / Joy E Ward / Lu Yang / Zoltán Mester / Esther Bullitt / Derek R Lovley / Mike Strauss /
要旨: Electrically conductive pili from species, termed bacterial nanowires, are intensely studied for their biological significance and potential in the development of new materials. Using cryo-electron ...Electrically conductive pili from species, termed bacterial nanowires, are intensely studied for their biological significance and potential in the development of new materials. Using cryo-electron microscopy, we have characterized nanowires from conductive pili preparations that are composed solely of head-to-tail stacked monomers of the six-heme C-type cytochrome OmcS. The unique fold of OmcS - closely wrapped around a continuous stack of hemes that can serve as an uninterrupted path for electron transport - generates a scaffold that supports the unbranched chain of hemes along the central axis of the filament. We present here, at 3.4 Å resolution, the structure of this cytochrome-based filament and discuss its possible role in long-range biological electron transport.
履歴
登録2018年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nef
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nef
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9357.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9357.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 212. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.13718002 - 0.2536325
平均 (標準偏差)0.0005612817 (±0.0071339365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-100-99-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 211.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.000212.000212.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-100-100-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-99-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1370.2540.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire

全体名称: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire
    • タンパク質・ペプチド: C-type cytochrome OmcS
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire

超分子名称: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

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分子 #1: C-type cytochrome OmcS

分子名称: C-type cytochrome OmcS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: SIX-HEME MULTIHEME C-TYPE CYTOCHROME, PROTEIN FIBRIL
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacter sulfurreducens (strain ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA) (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA
分子量理論値: 42.986008 KDa
配列文字列: FHSGGVAECE GCHTMHNSLG GAVMNSATAQ FTTGPMLLQG ATQSSSCLNC HQHAGDTGPS SYHISTAEAD MPAGTAPLQM TPGGDFGWV KKTYTWNVRG LNTSEGERKG HNIVAGDYNY VADTTLTTAP GGTYPANQLH CSSCHDPHGK YRRFVDGSIA T TGLPIKNS ...文字列:
FHSGGVAECE GCHTMHNSLG GAVMNSATAQ FTTGPMLLQG ATQSSSCLNC HQHAGDTGPS SYHISTAEAD MPAGTAPLQM TPGGDFGWV KKTYTWNVRG LNTSEGERKG HNIVAGDYNY VADTTLTTAP GGTYPANQLH CSSCHDPHGK YRRFVDGSIA T TGLPIKNS GSYQNSNDPT AWGAVGAYRI LGGTGYQPKS LSGSYAFANQ VPAAVAPSTY NRTEATTQTR VAYGQGMSEW CA NCHTDIH NSAYPTNLRH PAGNGAKFGA TIAGLYNSYK KSGDLTGTQA SAYLSLAPFE EGTADYTVLK GHAKIDDTAL TGA DATSNV NCLSCHRAHA SGFDSMTRFN LAYEFTTIAD ASGNSIYGTD PNTSSLQGRS VNEMTAAYYG RTADKFAPYQ RALC NKCHA KD

UniProtKB: C-type cytochrome OmcS

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分子 #2: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample contained thick (4nm) and thin (3nm) filaments. This reconstruction is of the thick filaments.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 47.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.01 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 462964
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

詳細Atomic model was built de novo visually and repeatedly rebuilt visually using Coot and SPDBV. After each round of manual rebuilding, the parameters of the atomic model underwent stereochemically restrained reciprocal space refinement, using either Refmac5 or Phenix.autobuild or both, using as a reference the amplitudes and phases of the Fourier transform of a portion of the cryoEM reconstruction. For convenience, a single-subunit model was initially built to fit an approximation of the reference map in space group P4(3), which was subsequently replaced by a three-subunit model, using the authentic helical parameters of the map. one of the two axial ligands for HEM 505 is ne2 of his 41 from a neighboring helical-symmetry-related protein chain.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
当てはまり具合の基準: maximum likelihood with phases
得られたモデル

PDB-6nef:
Outer Membrane Cytochrome S Filament from Geobacter Sulfurreducens

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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