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万見
- EMDB-9332: Helical assembly of the CARD9 CARD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9332
タイトルHelical assembly of the CARD9 CARD
マップデータHelical assembly of the CARD9 CARD
試料
  • 複合体: Helical assembly of the CARD9 CARD.
    • タンパク質・ペプチド: Caspase recruitment domain-containing protein 9
キーワードCARD / filament / helical assembly / death domain / innate immunity / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / antifungal innate immune response / response to peptidoglycan / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of innate immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...regulation of interleukin-2 production / host-mediated regulation of intestinal microbiota composition / CBM complex / antifungal innate immune response / response to peptidoglycan / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / CARD domain binding / positive regulation of innate immune response / neutrophil mediated immunity / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / response to aldosterone / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / response to muramyl dipeptide / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of chemokine production / stress-activated MAPK cascade / JNK cascade / positive regulation of cytokine production / positive regulation of JNK cascade / NOD1/2 Signaling Pathway / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / : / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CARD9, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Caspase recruitment domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Holliday MJ / Rohou A
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of autoinhibited and polymerized forms of CARD9 reveal mechanisms of CARD9 and CARD11 activation.
著者: Michael J Holliday / Axel Witt / Alejandro Rodríguez Gama / Benjamin T Walters / Christopher P Arthur / Randal Halfmann / Alexis Rohou / Erin C Dueber / Wayne J Fairbrother /
要旨: CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this ...CARD9 and CARD11 drive immune cell activation by nucleating Bcl10 polymerization, but are held in an autoinhibited state prior to stimulation. Here, we elucidate the structural basis for this autoinhibition by determining the structure of a region of CARD9 that includes an extensive interface between its caspase recruitment domain (CARD) and coiled-coil domain. We demonstrate, for both CARD9 and CARD11, that disruption of this interface leads to hyperactivation in cells and to the formation of Bcl10-templating filaments in vitro, illuminating the mechanism of action of numerous oncogenic mutations of CARD11. These structural insights enable us to characterize two similar, yet distinct, mechanisms by which autoinhibition is relieved in the course of canonical CARD9 or CARD11 activation. We also dissect the molecular determinants of helical template assembly by solving the structure of the CARD9 filament. Taken together, these findings delineate the structural mechanisms of inhibition and activation within this protein family.
履歴
登録2018年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n2p
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6n2p
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical assembly of the CARD9 CARD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 325.5 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 325.5 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 325.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.013754008 - 0.0614793
平均 (標準偏差)-0.00050711195 (±0.004071336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 325.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.500325.500325.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0140.061-0.001

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添付データ

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追加マップ: CARD9 CARD helical filament, sharpened.

ファイルemd_9332_additional.map
注釈CARD9 CARD helical filament, sharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical assembly of the CARD9 CARD.

全体名称: Helical assembly of the CARD9 CARD.
要素
  • 複合体: Helical assembly of the CARD9 CARD.
    • タンパク質・ペプチド: Caspase recruitment domain-containing protein 9

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超分子 #1: Helical assembly of the CARD9 CARD.

超分子名称: Helical assembly of the CARD9 CARD. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.0 kDa/nm

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分子 #1: Caspase recruitment domain-containing protein 9

分子名称: Caspase recruitment domain-containing protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.351873 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GSDYENDDEC WSVLEGFRVT LTSVIDPSRI TPYLRQCKVL NPDDEEQVLS DPNLVIRKRK VGVLLDILQR TGHKGYVAFL ESLELYYPQ LYKKVTGKEP ARVFSMIEDA SGESGLTQLL MTEVMKLQKK VQDLTALLSS KDDFIKELRV KDS

UniProtKB: Caspase recruitment domain-containing protein 9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度8.67 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
0.5 mMC9H15O6PTCEP
0.5 mMZnZinc
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample was incubated on the grid for 1 minute, subsequently washed/blotted 6 times in buffer, followed by addition of 3.5 ul buffer, which was blotted by vitrobot for 5 seconds prior to plunging..
詳細Formed from CARD9 2-152 dimer with an I107E mutation, purified with 1:1 Zn. 1 mM EDTA was added to 0.5 mM protein, followed by 10 minute incubation at 25C. Sample was subsequently diluted 1:5 before adding to grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4403 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.9 e/Å2 / 詳細: Collected in movie-mode at 4 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.11 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -101.6 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: A 5.0 A high-resolution limit was used for particle alignment in frealign.
使用した粒子像数: 31908
Segment selection選択した数: 141592
ソフトウェア:
名称詳細
EMAN2Filaments were manually selected using e2helixboxer.py.
RELION (ver. 2.1)Segments were extracted from filaments using RELION.

詳細: Filaments were manually selected using e2helixboxer.py. Segments were extracted from filaments using RELION, using a 30 A shift between particles.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio 3D reconstruction was generated in C1 in cisTEM and used as a startup model.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Final assignment was performed in helical frealign using helical parameters of 5.11-A rise and 101.6 degree rotation.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6e26


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 8-95 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細"Fit in map" in UCSF Chimera was used to fit the previously determined, lowest energy NMR solution structure (PDB ID 6E26) into the sharpened density and to generate 9 symmetry-mates according to the determined helical parameters. The map was then iteratively refined in Phenix and Coot, maintaining strict non-crystallographic symmetry among the CARDs.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6n2p:
Helical assembly of the CARD9 CARD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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