+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9131 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 | |||||||||
マップデータ | ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. Different contour levels are required to visualize the viral components and the bound Fab molecules. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / centrosome / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / GTP binding / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / ZIKV (ジカ熱ウイルス) / Human (ヒト) / Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Long F / Rossmann MG | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural basis of a potent human monoclonal antibody against Zika virus targeting a quaternary epitope. 著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / ...著者: Feng Long / Michael Doyle / Estefania Fernandez / Andrew S Miller / Thomas Klose / Madhumati Sevvana / Aubrey Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / James E Crowe / Michael G Rossmann / 要旨: Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and ...Zika virus (ZIKV) is a major human pathogen and member of the genus in the Flaviviridae family. In contrast to most other insect-transmitted flaviviruses, ZIKV also can be transmitted sexually and from mother to fetus in humans. During recent outbreaks, ZIKV infections have been linked to microcephaly, congenital disease, and Guillain-Barré syndrome. Neutralizing antibodies have potential as therapeutic agents. We report here a 4-Å-resolution cryo-electron microscopy structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. The footprint of the ZIKV-195 Fab fragment expands across two adjacent envelope (E) protein protomers. ZIKV neutralization by this antibody is presumably accomplished by cross-linking the E proteins, which likely prevents formation of E protein trimers required for fusion of the viral and cellular membranes. A single dose of ZIKV-195 administered 5 days after virus inoculation showed marked protection against lethality in a stringent mouse model of infection. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9131.map.gz | 478.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9131-v30.xml emd-9131.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9131_fsc_1.xml emd_9131_fsc_2.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9131.png | 287.6 KB | ||
その他 | emd_9131_half_map_1.map.gz emd_9131_half_map_2.map.gz | 130.1 MB 130.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9131 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9131_validation.pdf.gz | 771.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9131_full_validation.pdf.gz | 771.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9131_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9131_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9131 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195. Different contour levels are required to visualize the viral components and the bound Fab molecules. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map #1
ファイル | emd_9131_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map #1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map #2
ファイル | emd_9131_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map #2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutral...
全体 | 名称: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutral...
超分子 | 名称: ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Purified from infected Vero cells overexpressing the furin protease |
---|
-超分子 #3: monoclonal antibody ZIKV-195
超分子 | 名称: monoclonal antibody ZIKV-195 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013)
超分子 | 名称: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 2043570 生物種: Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) Sci species strain: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|
-分子 #1: E protein
分子 | 名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / 株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 |
分子量 | 理論値: 54.444051 KDa |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA |
-分子 #2: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / 株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 |
分子量 | 理論値: 8.496883 KDa |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS |
-分子 #3: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain
分子 | 名称: monoclonal antibody ZIKV-195 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.148739 KDa |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVHPGRSLRL SCAASGFTFS SSAMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYDGSNKYY GDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMHSLRAE DTAVYYCAKD RDAYNTVGYF AYYYGMDVWG QGTLVTVSS |
-分子 #4: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain
分子 | 名称: monoclonal antibody ZIKV-195 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.750902 KDa |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSV SEAPRQRVTI SCSGSSSNIG NNAVNWYQQL PGKAPKLLIY YDDLLPSGVS DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC AAWDDSLTRY VFGTGTKVTV L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.00 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: NTE buffer at pH 8.0 | ||||||||||||
グリッド | 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 | ||||||||||||
詳細 | Fab fragments were mixed with purified mature virus particles to make complexes. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1691 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
詳細 | The occupancy of bound Fabs was low. Due to poor density, only the variable domain of Fab molecule was modeled and fit into one of the three Fab binding sites on each icosahedral asymmetric unit. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-6mid: |