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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wiu | ||||||
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タイトル | Bromodomain and Extra-terminal Domain (BET) BRD4 | ||||||
![]() | Isoform C of Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / binds acetylated lysine residues | ||||||
機能・相同性 | Amanitin/phalloidin toxin / toxin activity / Chem-WPR / Alpha-amanitin proprotein 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cao, D. / Zhiyan, D. / Xiong, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of a brain-permeable bromodomain and extra terminal domain (BET) inhibitor with selectivity for BD1 for the treatment of multiple sclerosis. 著者: Chen, X. / Wu, T. / Du, Z. / Kang, W. / Xu, R. / Meng, F. / Liu, C. / Chen, Y. / Bao, Q. / Shen, J. / You, Q. / Cao, D. / Jiang, Z. / Guo, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14740.049 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-WPR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 18-28% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→39 Å / Num. obs: 46705 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.47 Å / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Num. measured all: 23505 / Num. unique obs: 3036 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.502 / Χ2: 0.41 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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