PDB-8wiu: Bromodomain and Extra-terminal Domain (BET) BRD4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wiu

タイトル

Bromodomain and Extra-terminal Domain (BET) BRD4

要素

Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / binds acetylated lysine residues

機能・相同性

Amanitin/phalloidin toxin / toxin activity / Chem-WPR / Alpha-amanitin proprotein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Cao, D. / Zhiyan, D. / Xiong, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a brain-permeable bromodomain and extra terminal domain (BET) inhibitor with selectivity for BD1 for the treatment of multiple sclerosis.
著者: Chen, X. / Wu, T. / Du, Z. / Kang, W. / Xu, R. / Meng, F. / Liu, C. / Chen, Y. / Bao, Q. / Shen, J. / You, Q. / Cao, D. / Jiang, Z. / Guo, X.

履歴

登録	2023年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wiu.cif.gz	44 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wiu.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform C of Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.879, 47.225, 78.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoform C of Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 14740.049 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-WPR / 7-[5-[1-(cyclopropylmethyl)-3,5-dimethyl-pyrazol-4-yl]pyridin-3-yl]-1~{H}-imidazo[4,5-b]pyridine 分子量: 344.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 18-28% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→39 Å / Num. obs: 46705 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.4→1.47 Å / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Num. measured all: 23505 / Num. unique obs: 3036 / CC_1/2: 0.954 / R_pim(I) all: 0.173 / R_rim(I) all: 0.502 / Χ²: 0.41 / Net I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→18.02 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	3707	8 %
R_work	0.2113	-	-
obs	0.2132	46705	97.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1017	0	26	97	1140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.93	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.182	145
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.41	0.4039	109	0.3637	1241	X-RAY DIFFRACTION	75
1.41-1.43	0.4227	111	0.3467	1302	X-RAY DIFFRACTION	81
1.43-1.45	0.3144	124	0.3317	1440	X-RAY DIFFRACTION	87
1.45-1.47	0.3481	129	0.2964	1528	X-RAY DIFFRACTION	91
1.47-1.49	0.3481	136	0.2698	1567	X-RAY DIFFRACTION	98
1.49-1.52	0.2985	141	0.2429	1616	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.54	0.2061	142	0.2415	1631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.54-1.57	0.2776	142	0.2241	1633	X-RAY DIFFRACTION	99
1.57-1.6	0.2355	137	0.2161	1603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2947	141	0.2167	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2287	142	0.2208	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.282	144	0.2224	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.2618	143	0.212	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.2597	139	0.218	1638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.2592	141	0.234	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.2667	149	0.2215	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.94	0.2506	146	0.2152	1619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.01	0.231	140	0.2222	1628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.09	0.265	146	0.2071	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.19	0.2393	139	0.2058	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.3	0.2372	141	0.2156	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.45	0.2258	146	0.2203	1643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.2336	145	0.2203	1626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.9	0.2534	144	0.225	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.32	0.2618	134	0.2089	1645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-4.17	0.1895	143	0.1737	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-18.02	0.1666	142	0.1759	1631	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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