[日本語] English
万見
- PDB-8wdt: Crystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wdt
タイトルCrystal structure of the human adenosine A2A receptor in complex with photoresponsive ligand photoNECA(blue)
要素
  • Adenosine receptor A2a
  • Antibody Fab fragment heavy chain
  • Antibody Fab fragment light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / sensory perception / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / positive regulation of glutamate secretion / intermediate filament / presynaptic active zone / blood circulation / response to caffeine / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / membrane depolarization / phagocytosis / cellular defense response / prepulse inhibition / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / astrocyte activation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / positive regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / apoptotic signaling pathway / locomotory behavior / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / calmodulin binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WCH / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Araya, T. / Asada, H. / Iwata, S. / Im, D.H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure reveals the binding mode and selectivity of a photoswitchable ligand for the adenosine A 2A receptor.
著者: Araya, T. / Matsuba, Y. / Suzuki, H. / Doura, T. / Nuemket, N. / Nango, E. / Yamamoto, M. / Im, D. / Asada, H. / Kiyonaka, S. / Iwata, S.
履歴
登録2023年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a
B: Antibody Fab fragment light chain
C: Antibody Fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1974
ポリマ－86,7853
非ポリマー4121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)372.640, 52.520, 63.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a


分子量: 39114.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADORA2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274
#2: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 23356.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 24314.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-WCH / (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-2-((E)-phenyldiazenyl)-9H-purin-9-yl)-N-ethyl-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide


分子量: 412.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 0.005-0.03 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.15 M Sodium chloride, 27.5-29.0% PEG500DME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→46.42 Å / Num. obs: 18172 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 65.4 % / Biso Wilson estimate: 61.79 Å2 / CC1/2: 0.944 / CC star: 0.985 / Rpim(I) all: 0.1322 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル解像度: 3.34→3.46 Å / 冗長度: 62.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1765 / CC1/2: 0.458 / CC star: 0.793 / Rpim(I) all: 1.5 / % possible all: 99.21

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2-3874位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.34→46.42 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1836 10.12 %Random selection
Rwork0.2141 ---
obs0.2194 18137 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5626 0 30 0 5656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4777931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0752018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003985
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.34-3.430.33951430.28761207X-RAY DIFFRACTION99
3.43-3.530.3191350.28541245X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.640.31061430.25281202X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.780.31471330.25931278X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.930.30081390.25351244X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.10.31671420.21291237X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.320.24191370.18691256X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.590.21841410.17851256X-RAY DIFFRACTION100
4.59-4.950.19361460.1731243X-RAY DIFFRACTION100
4.95-5.440.21731400.16691259X-RAY DIFFRACTION100
5.44-6.230.24821360.21191270X-RAY DIFFRACTION100
6.23-7.840.25141470.22411278X-RAY DIFFRACTION100
7.84-46.420.28981540.20421326X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68370.4203-2.334.85681.16022.43390.26360.0707-2.17550.4949-0.4060.55840.59210.9362-0.1350.64520.44080.17041.19520.4081.3559-34.758214.342240.9294
24.44190.9632-0.29973.21310.64972.2043-0.08180.4797-0.3577-0.0455-0.0756-0.4489-0.09850.84560.1280.32880.0450.05810.97460.18530.6643-37.503330.089634.7778
34.6777-1.7838-3.44311.93551.06252.6176-0.63840.9033-0.12690.2094-0.3048-1.3794-0.4351.23640.60770.8253-0.03760.10621.82040.0491.2202-10.043132.028836.4376
44.5286-0.4438-0.8191.090.35682.2867-0.0862-0.80940.29580.4010.1868-0.3384-0.0850.97310.06480.36650.01390.00470.96530.12631.0945-40.852838.000948.1291
58.0061-3.60930.42992.4273-0.37541.47060.4057-0.63420.0742-0.1674-0.2234-0.46250.16251.2071-0.0910.5640.06990.16221.21550.20760.6068-42.919632.93549.4218
68.1892-0.48660.20735.41291.0592.51480.3411-1.53711.05250.7605-0.6679-0.5703-0.00270.7310.21290.66520.1073-0.03851.57460.54410.822-31.019124.717749.9987
77.65840.82896.06066.3554-0.33745.9963-0.031.0667-4.17581.4132-0.75920.49781.95081.3250.88520.89750.20960.55361.51070.25862.4798-54.190111.663539.2319
81.6873-0.1231-1.09645.5559-5.91258.48970.4409-0.49650.27010.6356-0.1611-0.0129-0.9340.491-0.24070.4327-0.02450.13670.43320.07580.5345-90.547261.134556.7768
93.56632.1244-0.03736.67771.91013.44740.1082-0.5751-1.0819-0.58740.5734-1.4018-0.03030.32190.64930.3107-0.06660.16810.21570.1550.4015-82.867554.916456.0536
105.39421.38242.71922.55720.62263.13050.29411.10570.3791-1.1063-0.4108-0.6863-0.31880.86460.00380.41370.02320.21370.13190.00290.6279-84.634455.15844.3893
115.3929-3.4133-0.01965.232-1.18330.78220.0167-0.46751.25940.61850.4597-0.7414-0.8799-0.22390.9979-0.0251-0.07240.32010.27650.10220.9138-80.362560.752654.6687
125.13450.86732.13986.49880.85495.40860.4731.16890.2243-1.0261-0.53630.7123-0.4120.91450.10520.33720.07240.02480.35360.02980.4492-89.524559.807347.9923
134.0826-4.46462.8216.4838-3.24252.0302-0.1336-0.0496-0.11110.0314-0.0596-0.3686-0.3062-0.00840.10330.35630.06120.22120.41360.05210.4615-93.689357.31553.4712
144.13315.0462-0.97327.6894-3.70874.8283-0.01270.6725-1.2989-1.24520.5188-0.64170.5793-0.7154-0.10240.4356-0.21750.1120.53540.03640.6355-130.573354.103345.1013
158.24453.20782.72576.52172.65083.48190.40570.5256-0.00020.47750.06630.57360.4036-0.3461-0.39150.28530.02630.02070.29320.17640.3417-117.26462.791849.8363
163.59911.6021.88176.4891-1.2431.75820.1514-1.67770.5691.1429-0.14320.8599-1.0752-1.9372-0.20520.4273-0.01140.12350.99110.10150.3597-128.601263.616758.8993
173.72783.9633-4.86394.4913-5.85337.99460.18780.54710.0187-0.45410.22970.5958-0.0619-0.902-0.14280.5292-0.00810.05410.4059-0.03070.4545-112.168259.907349.3642
188.48012.17160.96863.57030.11936.45870.7525-1.654-1.46290.339-0.22980.83580.6998-0.9771-0.27330.4384-0.20170.09790.49080.10830.8602-130.407153.404953.4979
198.48255.46781.4846.00243.88146.59010.4947-1.0327-0.11110.5596-0.22110.5328-0.401-1.5533-0.16860.3515-0.04240.08490.65250.22530.958-132.846662.251154.8793
205.35434.54341.87087.85691.19574.7684-0.19231.38610.99550.77490.08491.844-0.0179-1.04720.2910.42620.0127-0.0090.6402-0.08440.5656-128.153568.58650.3973
214.40964.46641.82457.6359-0.55112.86230.1398-0.0057-0.6018-0.0953-0.2955-0.19510.23120.2990.20450.41140.0450.03340.22890.02380.3265-88.323236.608347.6027
224.0472-3.4045-2.40834.08734.55868.14080.1663-0.1233-0.02150.03740.2164-0.29350.7741-0.2433-0.33980.5956-0.01680.04870.27670.07580.6164-85.230329.927953.1258
236.2064-3.64090.99452.2915-0.05250.4260.18540.17330.2514-0.208-0.0955-0.04040.0203-0.105-0.02790.5116-0.01940.07060.29340.00370.231-100.38742.961745.9258
244.8805-2.01011.71166.1674-0.57680.58120.3298-0.1285-1.4577-1.64960.07930.33010.90050.2698-0.4070.81480.13490.03580.37170.05880.9033-117.536446.389441.4922
257.6007-0.86210.46458.69720.86543.14760.72670.0364-1.45050.5886-0.173-0.305-0.2731-0.2935-0.35440.4818-0.0003-0.10430.33420.07050.5962-116.017950.454845.3456
263.2074-1.44741.1661.0614-1.5543.5430.02620.8219-1.1087-0.46330.1781-0.61920.69220.3318-0.10780.60290.1502-0.06410.4998-0.10740.8133-123.284152.261633.6959
272.4715-1.203-1.45210.58580.70680.8511-0.1753-0.5504-0.77720.51990.2607-0.0976-0.04350.4179-0.00560.47980.5363-0.28560.74360.0680.8954-141.526555.712540.0698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 165 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 166 through 218 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 219 through 258 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 259 through 292 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 293 through 307 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 18 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 19 through 37 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 38 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 61 through 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 75 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 90 through 112 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 113 through 127 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 128 through 143 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 144 through 154 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 155 through 173 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 174 through 185 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 186 through 196 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 197 through 213 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 15 through 53 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 54 through 74 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 75 through 146 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 147 through 164 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 165 through 187 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 188 through 221 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 222 through 224 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る