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- PDB-8wd4: EGFR(L858R/T790/C797S) in complex with compound 5j -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wd4
タイトルEGFR(L858R/T790/C797S) in complex with compound 5j
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードONCOPROTEIN / EGFR / C797S / Drug Discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / Signaling by EGFR / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / intracellular vesicle / eyelid development in camera-type eye / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / embryonic placenta development / salivary gland morphogenesis / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / basal plasma membrane / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to estradiol stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / EGFR downregulation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / cell-cell adhesion / Constitutive Signaling by EGFRvIII / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of miRNA transcription / epidermal growth factor receptor signaling pathway / kinase binding / ruffle membrane / Downregulation of ERBB2 signaling / positive regulation of fibroblast proliferation / cell morphogenesis / neuron differentiation / positive regulation of protein phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / HCMV Early Events / actin filament binding / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein tyrosine kinase activity / double-stranded DNA binding / early endosome membrane / protein phosphatase binding / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W7W / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Nishikawa, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Synthesis, activity, and their relationships of 2,4-diaminonicotinamide derivatives as EGFR inhibitors targeting C797S mutation.
著者: Kageji, H. / Momose, T. / Nagamoto, Y. / Togashi, N. / Yasumatsu, I. / Nishikawa, Y. / Kihara, K. / Hiramoto, K. / Minami, M. / Kasanuki, N. / Isoyama, T. / Naito, H.
履歴
登録2023年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9763
ポリマ－37,4061
非ポリマー5702
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.327, 145.327, 145.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor


分子量: 37406.297 Da / 分子数: 1 / 変異: L858R,T790M,C797S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533
#2: 化合物 ChemComp-W7W / ~{N}-[3,3-bis(fluoranyl)propyl]-4-[[(2~{S})-butan-2-yl]amino]-6-[[2-(1-cyclopropylsulfonylpyrazol-4-yl)pyrimidin-4-yl]amino]pyridine-3-carboxamide


分子量: 534.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28F2N8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.02 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.46 M Trisodium citrate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.96 Å / Num. obs: 16233 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 63.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 17.62
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2624 / CC1/2: 0.535 / Rrim(I) all: 0.885 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→45.96 Å / SU ML: 0.4699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.0257
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 926 5.71 %
Rwork0.1987 15301 -
obs0.2005 16227 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 38 37 2471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52163363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0899376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8809947
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.680.34731130.30632241X-RAY DIFFRACTION98.12
2.69-2.850.41171460.34532166X-RAY DIFFRACTION96.98
2.85-3.070.31631430.2452158X-RAY DIFFRACTION97.87
3.07-3.380.2991200.23312203X-RAY DIFFRACTION96.99
3.38-3.870.20471010.1832181X-RAY DIFFRACTION95.64
3.87-4.880.18391720.1562140X-RAY DIFFRACTION95.93
4.88-45.960.20021310.18022212X-RAY DIFFRACTION94.29
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6612726851680.165199852712-0.3326086467851.353165696250.30880964440.2412551706440.0652779367570.249006921149-0.07641254910570.134802057476-0.1270474631080.4896043404370.0827777614918-0.203620910262-1.12945702576E-70.589858241407-0.01485832982730.07918493750960.6657644431720.02053819805640.70767565132753.3371018446-31.21294041726.92124273304
20.57893843014-0.380293108968-0.2256273713291.95467210888-0.09271578049180.27724128828-0.103422309898-0.223152144934-0.297820315936-0.1622311477640.04197359679870.5780431234590.1078195293380.0488079083007-3.77338275057E-80.542704465663-0.07024638130780.09834698356880.5797152792570.0388372022890.60641874023653.7203370091-31.75021135715.44516968561
32.004395952680.523576124326-0.829918226111.94577144403-1.417381879193.92965576166-0.2021811177940.1896474676090.0729727574686-0.1181071194160.3901223881590.3202613912030.410111086965-0.5979115407360.01162336065190.436653096726-0.08342450548750.004171069316910.4577906531320.06573767610120.45852731915458.9313789458-23.2743747221-16.811978347
40.863522878120.7512728889770.232350093310.73565490533-0.1324680682971.127154700940.0518919630421-0.1887335668280.4315066164930.09638916282510.1749438203560.165476732799-0.501559244470.224778980508-3.52755584054E-80.6305341154710.07128162152080.06931023106890.508629560335-0.02056756466340.58702967610468.0335425563-14.7008934147-5.31032771743
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 694 through 731 )694 - 7311 - 38
22chain 'A' and (resid 732 through 791 )732 - 79139 - 95
33chain 'A' and (resid 792 through 960 )792 - 96096 - 253
44chain 'A' and (resid 961 through 1019 )961 - 1019254 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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