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- PDB-8tic: Structure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tic
タイトルStructure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 with compound 1
要素N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / acetylglucosaminyltransferase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / : / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase activity / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate biosynthesis / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation ...N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / : / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase activity / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate biosynthesis / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / cellular response to leukemia inhibitory factor / axon guidance / sensory perception of smell / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 31 / Galactosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FKX / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sudom, A. / Min, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Imidazolone as an Amide Bioisostere in the Development of beta-1,3- N -Acetylglucosaminyltransferase 2 (B3GNT2) Inhibitors.
著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. ...著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. / Xie, F. / Cee, V.J. / Manzanillo, P. / Allen, J.G.
履歴
登録2023年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
C: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
D: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,80620
ポリマ－184,3444
非ポリマー5,46216
水1,06359
1
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
C: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,99511
ポリマ－92,1722
非ポリマー2,8239
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area30440 Å2
手法PISA
2
B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
D: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8119
ポリマ－92,1722
非ポリマー2,6397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area29100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.142, 92.394, 203.432
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / BGnT-1 / 3-Gn-T1 / Beta3Gn-T1 / 3- ...Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / BGnT-1 / 3-Gn-T1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / 3-GalTase 7 / Beta3Gal-T7 / Beta3GalT7 / b3Gal-T7 / Beta-3-Gx-T7 / UDP-Gal:beta-GlcNAc beta-1 / UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / BGnT-2 / 3-Gn-T2 / Beta3Gn-T2 / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1


分子量: 46085.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 69分子

#4: 化合物
ChemComp-FKX / 3-(2-methylpropyl)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid


分子量: 234.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.08 M Tris pH 8.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.98 Å / Num. obs: 46965 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 44.13 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.392 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.415 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 2.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4559 / CC1/2: 0.328 / Rpim(I) all: 0.822 / Rrim(I) all: 2.639 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JHK

7jhk


解像度: 2.7→29.98 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 2004 4.27 %
Rwork0.2123 --
obs0.2145 46884 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10766 0 366 59 11191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66515467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4241644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.39571440.33553123X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.840.34291430.29753159X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.930.30911390.27993175X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.020.31461350.27313161X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.130.33931410.25643172X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.250.30921420.26183167X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.40.2881440.23323193X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.580.31231450.20953194X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.80.25521480.21193159X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.10.22741360.1883237X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.510.21451410.16793206X-RAY DIFFRACTION100
4.51-5.160.21511500.16113244X-RAY DIFFRACTION100
5.16-6.490.24651440.19993276X-RAY DIFFRACTION100
6.49-29.980.23681520.18553414X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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