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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tg4 | ||||||||||||||||||
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タイトル | tRNA 2'-phosphotransferase (Tpt1) from Aeropyrum pernix in complex with ADP-ribose-2"-phosphate and 2'-OH RNA | ||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / tRNA 2'-PHOSPHOTRANSFERASE / TPT1 / tRNA SPLICING / ADP-ribose-2"-phosphate / Aeropyrum pernix | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA 2'-phosphotransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Tpt1-catalyzed 2'-PO 4 transfer from RNA and NADP(H) to NAD. 著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 765 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tfiC ![]() 8tfxC ![]() 8tfyC ![]() 8tfzC ![]() 8tg3C ![]() 8tg5C ![]() 8tg6C ![]() 1wfxS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 23382.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9YFP5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1547.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 6種, 154分子 ![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/9SO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/9SO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-9SO / [( | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.99 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M KNO3, 24% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→41.86 Å / Num. obs: 38249 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1848 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.337 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1wfx 解像度: 1.37→41.86 Å / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4102 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→41.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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