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- PDB-8t82: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40 forms hetero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t82
タイトルRacemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40 forms heterochiral rippled beta-sheet, includes pentafluoropropionic acid
要素amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
キーワードPROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril
機能・相同性pentafluoropropanoic acid
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG074954 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7252
ポリマ－5611
非ポリマー1641
水181
1
A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子

A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子

A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子

A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子

A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子

A: amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,34812
ポリマ－3,3646
非ポリマー9846
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation3_566-x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_666-x+1,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_466-x-1,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)9.560, 18.570, 20.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.400, 90.000
Int Tables number14
Space group name H-MP121/c1
Space group name Hall-P2ybc
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z+1/2
#3: -x,-y,-z
#4: x,-y-1/2,z-1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド amyloid beta segment 35-MVGGVV-40, racemic mixture


分子量: 560.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-YWK / pentafluoropropanoic acid / ペンタフルオロプロピオン酸


分子量: 164.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3HF5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.59 % / 解説: needle-shaped
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: pentafluoropropionic acid, water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→13.79 Å / Num. obs: 2485 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.1-1.160.2341550.9770.2581
1.16-1.230.22980.9780.2181
1.23-1.310.1683330.9860.1831
1.31-1.420.153540.9880.1631
1.42-1.560.1263220.990.1361
1.56-1.740.1122810.9940.1211
1.74-2.010.0952460.9950.1031
2.01-2.460.0992210.9960.1071
2.46-3.480.0921770.9950.11
3.48-13.790.079980.9880.0851

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALE20220820データスケーリング
XDS20220820データ削減
SHELXD2013/2位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→13.79 Å / SU ML: 0.0483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.0567
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1771 238 9.98 %
Rwork0.1523 2146 -
obs0.1548 2384 83.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 6.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→13.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38 0 10 1 49
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.359664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.285314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.390.18841010.1551913X-RAY DIFFRACTION70.37
1.39-13.790.1741370.15151233X-RAY DIFFRACTION96.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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