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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8sy9
タイトル
X-ray crystal structure of UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase from Thermus thermophilus strain HB27, D98N variant in the presence of UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid, UDP-N-acetylglucosamine and UDP at pH 7
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein incubated with 5 mM UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid. Precipitant used was 22-27% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM MOPS (pH7)
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源
由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器
タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月25日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4569 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 94.4
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0403
精密化
SAINT
データ削減
SADABS
データスケーリング
REFMAC
位相決定
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 9.811 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25925
1911
5 %
RANDOM
Rwork
0.1921
-
-
-
obs
0.19544
36412
98.13 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK