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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sy0 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of UDP- 2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase from Thermus thermophilus strain HB27 in complex with its product UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-d-mannuronic acid at pH 9 | ||||||
要素 | UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid-2-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / lipopolysaccharide / O-antigen / 2-epimerase | ||||||
機能・相同性 | UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding / Chem-MJ3 / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McKnight, J.O. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structural analysis of a bacterial UDP-sugar 2-epimerase reveals the active site architecture before and after catalysis. 著者: Thoden, J.B. / McKnight, J.O. / Kroft, C.W. / Jast, J.D.T. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sy0.cif.gz | 165.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sy0.ent.gz | 127.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sy0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sy0_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sy0_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sy0_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sy0_validation.cif.gz | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8sy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/8sy0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41995.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) 株: ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27 / 遺伝子: TT_C0285 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q72KY0 |
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-非ポリマー , 5種, 291分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: protein incubated with 5 mM UDP-2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-glucuronic acid 18-22% poly(ethylene glycol) 3350, 200 mM LiCl, 100 mM CHES (pH 9) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 45153 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 5715 / R split: 2.7 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→40.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.328 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.943 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→40.67 Å
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拘束条件 |
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