PDB-8r5v: Crystal structure of bovine pancreatic ribonuclease A in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r5v

タイトル

Crystal structure of bovine pancreatic ribonuclease A in complex with [Sp-PS]-mU-dT dinucleotide

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / complex / dinucleotide / inhibitor / ribonuclease / RNase

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dolot, R. / Jastrzebska, K. / Antonczyk, P.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2024
タイトル: P-Stereodefined morpholino dinucleoside 3',5'-phosphorothioates.
著者: Jastrzebska, K. / Antonczyk, P. / Dolot, R.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r5v.cif.gz	78.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r5v.ent.gz	54.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.315, 32.709, 72.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.069, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-332- HOH
2	1	B-329- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic 分子量: 16480.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P61823
#2: 化合物	ChemComp-Y4I / 1-[(2~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[(2~{R},6~{S})-2-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-6-(hydroxymethyl)morpholin-4-yl]-oxidanyl-phosphinothioyl]oxymethyl]-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]-5-methyl-pyrimidine-2,4-dione 分子量: 547.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₆N₅O₁₀PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TF4 / DICHLORO-ACETIC ACID 分子量: 128.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂Cl₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 22-25 % (w/v) PEG 4000, 20 mM sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→17.435 Å / Num. obs: 22015 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 9.4 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1248 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.161 / R_rim(I) all: 0.294 / Χ²: 0.68 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
CrysalisPro	1.171.42.88a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→17.435 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.22 / WR_factor R_work: 0.154 / SU B: 3.168 / SU ML: 0.098 / Average fsc free: 0.9629 / Average fsc work: 0.9811 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	1122	5.101 %
R_work	0.1641	20874	-
all	0.167	-	-
obs	-	21996	98.517 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.162 Å²	-0 Å²	0.168 Å²
2-	-	0.075 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→17.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1875	0	48	383	2306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.838	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.562	1.803	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.906	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.82	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.084	10	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.987	10	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	466
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.283	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.713	1.604	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.704	1.604	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.759	2.853	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.759	2.853	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.387	1.887	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.384	1.886	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	3.333	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.052	3.331	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.697	18.704	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.345	15.945	2444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.846	0.316	65	0.205	1477	0.209	1613	0.946	0.975	95.5983	0.18
1.846-1.896	0.241	103	0.195	1436	0.198	1559	0.963	0.977	98.7171	0.17
1.896-1.951	0.239	95	0.189	1450	0.192	1553	0.961	0.976	99.4849	0.166
1.951-2.01	0.294	76	0.187	1397	0.192	1478	0.943	0.977	99.6617	0.165
2.01-2.075	0.227	69	0.174	1373	0.177	1445	0.966	0.98	99.7924	0.155
2.075-2.147	0.237	54	0.176	1346	0.179	1404	0.961	0.981	99.7151	0.157
2.147-2.226	0.257	49	0.182	1310	0.185	1365	0.96	0.978	99.5604	0.167
2.226-2.316	0.24	67	0.176	1225	0.179	1294	0.959	0.98	99.8454	0.161
2.316-2.417	0.225	61	0.169	1211	0.172	1276	0.965	0.982	99.6865	0.154
2.417-2.532	0.245	92	0.157	1102	0.163	1197	0.965	0.983	99.7494	0.146
2.532-2.666	0.268	66	0.176	1082	0.182	1150	0.954	0.98	99.8261	0.167
2.666-2.824	0.24	50	0.165	1017	0.168	1069	0.96	0.983	99.8129	0.156
2.824-3.013	0.207	41	0.161	981	0.163	1025	0.97	0.984	99.7073	0.156
3.013-3.246	0.225	65	0.155	893	0.16	961	0.97	0.985	99.6878	0.149
3.246-3.544	0.176	48	0.141	831	0.143	897	0.982	0.989	97.9933	0.141
3.544-3.942	0.247	40	0.141	737	0.145	804	0.963	0.989	96.6418	0.141
3.942-4.513	0.146	28	0.117	664	0.118	727	0.99	0.992	95.1857	0.119
4.513-5.437	0.208	21	0.132	584	0.135	634	0.986	0.991	95.4259	0.136
5.437-7.341	0.288	16	0.183	455	0.187	503	0.969	0.982	93.6382	0.18
7.341-17.435	0.161	16	0.19	303	0.189	344	0.984	0.979	92.7326	0.198

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