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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8psz | ||||||
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タイトル | Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state with additional mode B promoter (transcriptase conformation) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Viral polymerase | ||||||
機能・相同性 | RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Chem-A0I / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Putative PB1 / RNA-dependent RNA polymerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | ||||||
![]() | Arragain, B. / Cusack, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional analysis of the minimal orthomyxovirus-like polymerase of Tilapia Lake Virus from the highly diverged Amnoonviridae family. 著者: Benoit Arragain / Martin Pelosse / Albert Thompson / Stephen Cusack / ![]() ![]() 要旨: Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ...Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ends and encode proteins with no known homologues, apart from the segment 1, which encodes an orthomyxo-like RNA-dependent-RNA polymerase core subunit. Here we show that segments 1-3 encode respectively the PB1, PB2 and PA-like subunits of an active heterotrimeric polymerase that maintains all domains found in the distantly related influenza polymerase, despite an unprecedented overall size reduction of 40%. Multiple high-resolution cryo-EM structures of TiLV polymerase in pre-initiation, initiation and active elongation states, show how it binds the vRNA and cRNA promoters and performs RNA synthesis, with both transcriptase and replicase configurations being characterised. However, the highly truncated endonuclease-like domain appears inactive and the putative cap-binding domain is autoinhibited, emphasising that many functional aspects of TiLV polymerase remain to be elucidated. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 554.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17865MC ![]() 8psnC ![]() 8psoC ![]() 8psqC ![]() 8pssC ![]() 8psuC ![]() 8psxC ![]() 8pt2C ![]() 8pt6C ![]() 8pt7C ![]() 8pthC ![]() 8ptjC ![]() 8qz8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 47780.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 57179.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 53782.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 2種, 4分子 VSDP
#4: RNA鎖 | 分子量: 12736.518 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #5: RNA鎖 | | 分子量: 6675.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 115分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/A0I.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/A0I.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-A0I / [( | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tilapia lake virus polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103012 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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