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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pqi | |||||||||||||||
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タイトル | PDGFRA T674I mutant kinase domain in complex with avapritinib derivative 9 | |||||||||||||||
![]() | Platelet-derived growth factor receptor alpha | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / PDGFRA protein kinase / avapritinib / inhibitor / tyrosine kinase / transmembrane receptor / platelet-derived growth factor receptor alpha / PDGF / platelet-derived growth factor / GIST / gastrointestinal stromal tumors / gatekeeper mutant / P16234 | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization ...platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / embryonic skeletal system morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / embryonic digestive tract morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor activity / Leydig cell differentiation / cell activation / male genitalia development / positive regulation of chemotaxis / Signaling by PDGF / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic cranial skeleton morphogenesis / platelet-derived growth factor receptor binding / face morphogenesis / estrogen metabolic process / adrenal gland development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of platelet activation / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / positive regulation of calcium-mediated signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Downstream signal transduction / extracellular matrix organization / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / receptor protein-tyrosine kinase / cilium / platelet aggregation / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of fibroblast proliferation / cell junction / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Teuber, A. / Kleinboelting, S. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Avapritinib-based SAR studies unveil a binding pocket in KIT and PDGFRA. 著者: Teuber, A. / Schulz, T. / Fletcher, B.S. / Gontla, R. / Muhlenberg, T. / Zischinsky, M.L. / Niggenaber, J. / Weisner, J. / Kleinbolting, S.B. / Lategahn, J. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Bauer, S. / Rauh, D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 677.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 680.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pq9C ![]() 8pqaC ![]() 8pqbC ![]() 8pqcC ![]() 8pqdC ![]() 8pqeC ![]() 8pqfC ![]() 8pqgC ![]() 8pqhC ![]() 8pqjC ![]() 8pqkC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40226.371 Da / 分子数: 1 / 変異: T674I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P16234, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-9OO / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5 mg/mL, 5% PEG3350, 200 mM KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→46.63 Å / Num. obs: 12552 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.05 % / Biso Wilson estimate: 68.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 12.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 13.54 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.876 / Rrim(I) all: 1.607 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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