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万見
- PDB-8poi: Molecular Docking of SPF30 Tudor domain with synthetic inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8poi
タイトルMolecular Docking of SPF30 Tudor domain with synthetic inhibitor 4-(pyridin-2-yl)thiazol-2-amine
要素Survival of motor neuron-related-splicing factor 30
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tudor domain / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA splicing, via transesterification reactions / Cajal body / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA processing / nuclear speck / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
4-pyridin-2-yl-1,3-thiazol-2-amine / Survival of motor neuron-related-splicing factor 30
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Borggraefe, J. / Gaussmann, S. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1309 325871075 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Pharmacological perturbation of the phase-separating protein SMNDC1.
著者: Enders, L. / Siklos, M. / Borggrafe, J. / Gaussmann, S. / Koren, A. / Malik, M. / Tomek, T. / Schuster, M. / Reinis, J. / Hahn, E. / Rukavina, A. / Reicher, A. / Casteels, T. / Bock, C. / ...著者: Enders, L. / Siklos, M. / Borggrafe, J. / Gaussmann, S. / Koren, A. / Malik, M. / Tomek, T. / Schuster, M. / Reinis, J. / Hahn, E. / Rukavina, A. / Reicher, A. / Casteels, T. / Bock, C. / Winter, G.E. / Hannich, J.T. / Sattler, M. / Kubicek, S.
履歴
登録2023年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival of motor neuron-related-splicing factor 30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1132
ポリマ－6,9361
非ポリマー1771
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, Intermolecular NOE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Survival of motor neuron-related-splicing factor 30 / 30 kDa splicing factor SMNrp / SMN-related protein / Survival motor neuron domain-containing protein 1


分子量: 6935.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMNDC1, SMNR, SPF30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O75940
#2: 化合物 ChemComp-ZTI / 4-pyridin-2-yl-1,3-thiazol-2-amine / 4-(2-ピリジル)-2-チアゾ-ルアミン


分子量: 177.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic12D NOESY w1-13C-filtered
171isotropic12D NOESY w2-13C-filtered
161isotropic13D NOESY w2-w1-13C filtered

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] SPF30(65-128), 20 mM NA- cmp13, 20 mM NA- sodium phosphate, 50 mM NA- NaCl, 5 mM NA- DTT, 100% D2O
詳細: 1mM 15N,13C-SPF30(65-128) + 20mM cmp13 in 20mM NaPi pH 6.5, 50mM NaCl, 5mM DTT, lyophiized and resuspended in D2O
Label: SPF30_cmp13 / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSPF30(65-128)[U-13C; U-15N]1
20 mMcmp13NA-1
20 mMsodium phosphateNA-1
50 mMNaClNA-1
5 mMDTTNA-1
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: conditons_D20 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: H/N/C triple-resonance cryogenic probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichpeak picking
HADDOCKBonvinstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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