PDB-8pi1: Bicyclic INCYPRO Pseudomonas fluorescens esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pi1

タイトル

Bicyclic INCYPRO Pseudomonas fluorescens esterase

要素

Arylesterase

キーワード

HYDROLASE / stabilization / cyclization / trimer / multimer / esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

arylesterase / 酸化還元酵素 / arylesterase activity / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kiehstaller, S. / Pearce, N.M. / Grossmann, T.N. / Hennig, S.

資金援助

European Union,

オランダ, 2件

引用

ジャーナル: Chem / 年: 2024
タイトル: Covalent bicyclization of protein complexes yields durable quaternary structures.
著者: Hutchins, G.H. / Kiehstaller, S. / Poc, P. / Lewis, A.H. / Oh, J. / Sadighi, R. / Pearce, N.M. / Ibrahim, M. / Drienovska, I. / Rijs, A.M. / Neubacher, S. / Hennig, S. / Grossmann, T.N.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pi1.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pi1.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

D: Arylesterase

E: Arylesterase

F: Arylesterase

G: Arylesterase

H: Arylesterase

I: Arylesterase

J: Arylesterase

K: Arylesterase

L: Arylesterase

M: Arylesterase

N: Arylesterase

O: Arylesterase

ヘテロ分子

476 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
95 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Arylesterase

E: Arylesterase

F: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Arylesterase

H: Arylesterase

I: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: Arylesterase

K: Arylesterase

L: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

M: Arylesterase

N: Arylesterase

O: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	254.800, 146.250, 154.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Arylesterase / Aryl-ester hydrolase / Carboxylic acid perhydrolase / PFE / Putative bromoperoxidase 分子量: 31075.201 Da / 分子数: 15 / 変異: T3C, Q174C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: estF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22862, arylesterase, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZIZ / N-[2-[3,5-bis[2-(2-iodanylethanoylamino)ethanoyl]-1,3,5-triazinan-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-2-iodanyl-ethanamide 分子量: 762.077 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁I₃N₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 100 mM CHES pH10 25 % (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→99 Å / Num. obs: 164678 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.88
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 18210 / CC_1/2: 0.521 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0411	精密化
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→77.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 26.535 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22349	8234	5 %	RANDOM
R_work	0.18213	-	-	-
obs	0.1842	156444	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.412 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0 Å²	0.26 Å²
2-	-	1.19 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→77.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31861	0	420	533	32814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	33108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.868	1.646	44868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.476	5	4082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.894	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.101	10	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	25354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	4.179	16355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.003	7.517	20428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.781	4.342	16753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.596	42.9	48814
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	607	-
R_work	0.411	11536	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5563	-0.3075	-0.0944	2.0168	0.685	2.1183	-0.1355	-0.1151	-0.181	0.0567	0.1617	-0.2913	0.1902	0.4411	-0.0262	0.0842	0.0737	0.0673	0.3528	-0.0287	0.3182	90.1493	14.2755	-17.0872
2	0.9482	0.0679	0.1593	1.585	0.0578	1.7735	-0.1143	0.1052	0.0593	-0.1835	0.0164	0.0868	-0.128	0.0506	0.0979	0.0624	-0.0567	-0.0022	0.0905	0.0039	0.1968	65.293	41.636	-19.2375
3	1.5132	-0.2055	0.0299	1.5442	0.5713	1.975	-0.0757	0.3212	-0.0482	-0.2372	0.0658	-0.056	0.0234	0.1057	0.0099	0.1818	-0.1286	0.0893	0.288	-0.0457	0.1952	69.7014	17.0674	-47.3566
4	1.611	-0.2191	-0.2346	1.258	-0.1338	2.0425	-0.0511	0.1359	-0.0019	-0.1166	-0.0411	-0.0762	0.1224	0.0103	0.0923	0.0196	-0.0035	0.0198	0.0283	-0.013	0.1675	51.7889	-13.9046	-19.3878
5	1.6535	0.5165	0.152	1.3416	-0.3401	1.8481	-0.119	0.4006	0.0609	-0.2359	0.1186	0.0245	-0.008	-0.1806	0.0004	0.1342	-0.0843	-0.0207	0.3679	-0.0187	0.1347	29.4921	-5.4486	-47.7726
6	1.8853	-0.0147	0.4535	1.0749	-0.009	1.7278	-0.0175	-0.0543	-0.2177	0.032	-0.0161	0.1571	0.2593	-0.3189	0.0337	0.0955	-0.1469	0.0451	0.2434	-0.0685	0.217	15.8252	-22.3048	-17.4031
7	2.4033	0.6432	-0.0795	2.1523	-0.1476	1.8964	-0.1874	0.2426	0.5003	-0.1694	0.0465	-0.0037	-0.6449	0.0803	0.1409	0.5937	-0.0754	-0.0651	0.3063	0.1354	0.3769	20.8909	60.629	-17.2268
8	1.6541	0.3667	0.2726	1.4006	0.3327	1.9041	-0.0519	0.3196	-0.1009	-0.2183	0.0163	-0.0864	-0.1287	-0.0122	0.0356	0.0474	-0.0031	0.0457	0.2299	-0.0084	0.1391	10.1513	25.3316	-19.2593
9	1.2562	0.0338	-0.1979	2.0059	0.0442	1.1101	0.0104	0.5465	0.1299	-0.6203	-0.0871	-0.2576	-0.4485	0.2382	0.0768	0.6191	-0.1373	0.1578	0.7877	0.1385	0.296	29.1552	41.1748	-47.4119
10	2.2534	0.2963	0.2709	1.7736	0.2382	1.6666	0.0486	0.0048	0.2176	-0.0239	-0.068	0.0095	-0.1092	0.008	0.0195	0.0152	-0.014	0.0091	0.039	0.0075	0.1736	37.7158	38.1754	16.4147
11	1.8083	-0.1429	0.0712	1.7562	-0.2206	1.4118	0.0193	0.0245	-0.0261	0.0427	-0.0036	-0.25	0.1028	0.2152	-0.0157	0.0109	0.0102	-0.0063	0.0815	0.0097	0.169	62.8101	11.3203	16.5036
12	1.7934	-0.0361	-0.3776	1.648	0.1083	1.5469	-0.0529	0.0092	-0.094	0.0098	0.0546	0.0813	0.16	-0.1677	-0.0017	0.0281	-0.0417	0.0111	0.0763	-0.0065	0.0782	26.4864	3.1291	16.2628
13	2.9483	0.2232	0.3912	1.8844	0.8076	3.2681	-0.117	0.1055	0.2305	-0.131	0.0119	0.1963	-0.4183	-0.1311	0.1051	0.2498	-0.0883	-0.0268	0.2878	-0.0259	0.2874	32.5685	53.2135	76.1643
14	2.3521	0.3876	-0.0464	1.2243	0.5253	2.3388	-0.1348	0.3957	-0.5062	-0.0557	0.2	-0.4187	0.3187	0.8782	-0.0653	0.2872	-0.0481	0.0473	0.8441	-0.2083	0.4473	57.5864	33.3208	57.8379
15	2.715	0.7521	0.2255	1.3077	0.7948	2.9699	-0.0602	0.2982	-0.5777	0.1686	0.0549	0.0141	0.7379	-0.3256	0.0053	0.4287	-0.2481	0.0775	0.4813	-0.1288	0.4379	22.1967	22.1104	59.9171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 277
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 402
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 273
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 402
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 273
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 273
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 272
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 402
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	2 - 272
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)