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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pf8 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with Fragment-M-72 | ||||||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / fatty acid beta oxidation complex / mycobacterium tuberculosis / TFE / fragment screening / substrate channeling | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Dalwani, S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic fragment-binding studies of the Mycobacterium tuberculosis trifunctional enzyme suggest binding pockets for the tails of the acyl-CoA substrates at its active sites and ...タイトル: Crystallographic fragment-binding studies of the Mycobacterium tuberculosis trifunctional enzyme suggest binding pockets for the tails of the acyl-CoA substrates at its active sites and a potential substrate-channeling path between them. 著者: Dalwani, S. / Metz, A. / Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R. #1: ![]() タイトル: Crystallographic fragment binding studies of the Mycobacterium tuberculosis trifunctional enzyme suggest binding pockets for the tails of the acyl-CoA substrates at its active sites and ...タイトル: Crystallographic fragment binding studies of the Mycobacterium tuberculosis trifunctional enzyme suggest binding pockets for the tails of the acyl-CoA substrates at its active sites and a potential substrate channeling path between them 著者: Dalwani, S. / Metz, A. / Huschmann, F.U. / Weiss, M.S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 711.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 108 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8opuC ![]() 8opvC ![]() 8opwC ![]() 8opxC ![]() 8opyC ![]() 8oqlC ![]() 8oqmC ![]() 8oqnC ![]() 8oqoC ![]() 8oqpC ![]() 8oqqC ![]() 8oqrC ![]() 8oqsC ![]() 8oqtC ![]() 8oquC ![]() 8oqvC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 78005.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fadB, Rv0860 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 42460.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fadA, Rv0859 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O53871, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-非ポリマー , 7種, 526分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/YMK.gif)
![](data/chem/img/YLZ.gif)
![](data/chem/img/YLN.gif)
![](data/chem/img/JXL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/YMK.gif)
![](data/chem/img/YLZ.gif)
![](data/chem/img/YLN.gif)
![](data/chem/img/JXL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-YMK / ( | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-JXL / [ #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91589 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→112.42 Å / Num. obs: 131177 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 46.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.47 Å / Num. unique obs: 6560 / CC1/2: 0.623 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→112.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -43.9419782662 Å / Origin y: 34.0679009283 Å / Origin z: -1.45770460614 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |