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- PDB-8p9y: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant in 3-down with binding site o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p9y
タイトルSARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant in 3-down with binding site of an entry inhibitor
要素Spike protein S1,Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Spike / SARS COV-2 / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XIO / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Adhav, A. / Forcada-Nadal, A. / Marco-Marin, C. / Lopez-Redondo, M.L. / Llacer, J.L.
資金援助European Union, スペイン, 4件
組織認可番号国
European CommissionEU 2020/2094European Union
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020 116880GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020 120322RB-C21 スペイン
Spanish National Research Council202080E110 スペイン
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023
タイトル: C-2 Thiophenyl Tryptophan Trimers Inhibit Cellular Entry of SARS-CoV-2 through Interaction with the Viral Spike (S) Protein.
著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / ...著者: Marta Gargantilla / Clara Francés / Anmol Adhav / Alicia Forcada-Nadal / Belén Martínez-Gualda / Olaia Martí-Marí / María Luisa López-Redondo / Roberto Melero / Clara Marco-Marín / Nadine Gougeard / Carolina Espinosa / Antonio Rubio-Del-Campo / Rafael Ruiz-Partida / María Del Pilar Hernández-Sierra / Laura Villamayor-Belinchón / Jerónimo Bravo / José-Luis Llacer / Alberto Marina / Vicente Rubio / Ana San-Félix / Ron Geller / María-Jesús Pérez-Pérez /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes COVID-19, by infecting cells via the interaction of its spike protein (S) with the primary cell receptor angiotensin-converting enzyme (ACE2). To search for inhibitors of this key step in viral infection, we screened an in-house library of multivalent tryptophan derivatives. Using VSV-S pseudoparticles, we identified compound as a potent entry inhibitor lacking cellular toxicity. Chemical optimization of rendered compounds and , which also potently inhibited genuine SARS-CoV-2 cell entry. Thermofluor and microscale thermophoresis studies revealed their binding to S and to its isolated receptor binding domain (RBD), interfering with the interaction with ACE2. High-resolution cryoelectron microscopy structure of S, free or bound to , shed light on cell entry inhibition mechanisms by these compounds. Overall, this work identifies and characterizes a new class of SARS-CoV-2 entry inhibitors with clear potential for preventing and/or fighting COVID-19.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1,Spike glycoprotein
B: Spike protein S1,Spike glycoprotein
C: Spike protein S1,Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,65741
ポリマ－422,7123
非ポリマー10,94438
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1,Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 140904.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-XIO / [(2~{S})-2-[[4-(2-azanylethanoylamino)-7-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-4-[3-[[(2~{S})-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]-1-oxidanylidene-1-sodiooxy-propan-2-yl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]-7-oxidanylidene-heptanoyl]amino]-3-[2-(4-nitrophenyl)sulfanyl-1~{H}-indol-3-yl]propanoyl]oxysodium


分子量: 1322.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H59N11O16S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spike glycoprotein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: HEPES pH 7.2 150 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Scipion粒子像選択
2REFMAC5.8.0158モデル精密化
3EPU画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97094 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 4.3→4.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.547 / SU B: 41.07 / SU ML: 0.48 / ESU R: 0.287
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.53377 --
obs0.53377 1830273 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 165.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.48 Å20.63 Å2-0.73 Å2
2---4.12 Å2-2.49 Å2
3---9.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 25832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0226504
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0050.0223554
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6421.97236183
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.389354836
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.16553222
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg28.27724.6881184
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.576154055
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.55115104
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0840.24171
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0070.02129368
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0050.025391
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.73516.95812923
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.73516.95812923
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.17925.42216125
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.17925.42416126
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.41117.63513581
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other1.41117.63613582
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.08226.35120059
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined19.166106285
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other19.166106286
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.4→4.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.565 135640 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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