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- PDB-8p5y: Artificial transfer hydrogenase with a Mn-12 cofactor and Strepta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p5y
タイトルArtificial transfer hydrogenase with a Mn-12 cofactor and Streptavidin S112Y-K121M mutant
要素Streptavidin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Artificial meatlloenzyme / Transfer hydrogenase / Manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Chem-WZQ / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lau, K. / Wang, W. / Pojer, F. / Larabi, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation200020_212062 スイス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Manganese Transfer Hydrogenases Based on the Biotin-Streptavidin Technology.
著者: Wang, W. / Tachibana, R. / Zou, Z. / Chen, D. / Zhang, X. / Lau, K. / Pojer, F. / Ward, T.R. / Hu, X.
履歴
登録2023年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
C: Streptavidin
D: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89817
ポリマ－66,5894
非ポリマー2,30913
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.437, 51.198, 92.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.457, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-203-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Streptavidin


分子量: 16647.145 Da / 分子数: 4 / 変異: S112Y-K121M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629

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非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物
ChemComp-WZQ / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-[2-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)ethyl]pentanamide


分子量: 433.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 15 % v/v PEG, Smear High, 10 % v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→45.89 Å / Num. obs: 33538 / % possible obs: 95.56 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 36.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1573 / Net I/σ(I): 6.49
反射 シェル解像度: 1.88→1.94 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 2320 / CC1/2: 0.386 / CC star: 0.747 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220220データ削減
PHENIXdev_4827精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→45.89 Å / SU ML: 0.2787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.1991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1676 5 %
Rwork0.1959 31854 -
obs0.1994 33530 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3698 0 129 94 3921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01173922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33975361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0646582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.13241277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.940.37471140.35162198X-RAY DIFFRACTION80.42
1.94-20.37921370.32032595X-RAY DIFFRACTION93.82
2-2.070.31521400.2932640X-RAY DIFFRACTION95.53
2.07-2.150.31641390.24872679X-RAY DIFFRACTION96.47
2.15-2.250.29691400.23562649X-RAY DIFFRACTION96.81
2.25-2.370.26851420.24442693X-RAY DIFFRACTION97.12
2.37-2.520.3181420.23712694X-RAY DIFFRACTION97.42
2.52-2.710.29661420.22942702X-RAY DIFFRACTION97.06
2.71-2.990.27671420.2112686X-RAY DIFFRACTION96.78
2.99-3.420.23711440.19212749X-RAY DIFFRACTION98.13
3.42-4.310.28331450.16312750X-RAY DIFFRACTION98.4
4.31-45.890.21441490.15232819X-RAY DIFFRACTION98.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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