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- PDB-8og7: Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8og7
タイトルCrystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 2
要素DDB1- and CUL4-associated factor 1
キーワードTRANSFERASE / DCAF1 / E3 ligase / compound
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-VMR / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Schroeder, M. / Vulpetti, A. / Renatus, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of New Binders for DCAF1, an Emerging Ligase Target in the Targeted Protein Degradation Field.
著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / ...著者: Vulpetti, A. / Holzer, P. / Schmiedeberg, N. / Imbach-Weese, P. / Pissot-Soldermann, C. / Hollingworth, G.J. / Radimerski, T. / Thoma, C.R. / Stachyra, T.M. / Wojtynek, M. / Maschlej, M. / Chau, S. / Schuffenhauer, A. / Fernandez, C. / Schroder, M. / Renatus, M.
履歴
登録2023年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DDB1- and CUL4-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1734
ポリマ－41,7651
非ポリマー4083
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area13690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.750, 81.750, 235.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1501-

ACT

21A-1501-

ACT

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要素

#1: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 41764.824 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1250L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-VMR / (4~{R})-4-[3-(4-chloranylphenoxy)phenyl]pyrrolidin-2-imine


分子量: 286.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15ClN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→52.64 Å / Num. obs: 13467 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→52.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 15.88 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20598 682 5.1 %RANDOM
Rwork0.15759 ---
obs0.16006 12784 92.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.39 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.64→52.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 28 162 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9161.6493391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3391.5785200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7355306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27522.353136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77415406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3681515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.293.0741219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2893.0731217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8054.5921526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8044.5941527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8733.5591280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.63.4371259
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.265.011836
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.56535.4852549
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.83934.72505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 49 -
Rwork0.252 932 -
obs--94.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.6828 Å / Origin y: -31.8272 Å / Origin z: 11.6283 Å
111213212223313233
T0.1359 Å20.0258 Å20.0388 Å2-0.0172 Å20.0032 Å2--0.0336 Å2
L3.9449 °2-0.4725 °2-0.0005 °2-1.8974 °20.5135 °2--1.033 °2
S-0.055 Å °0.0665 Å °-0.3118 Å °-0.1907 Å °0.0395 Å °0.0012 Å °0.0728 Å °-0.0186 Å °0.0155 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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