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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k71 | |||||||||
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タイトル | Factor-inhibiting hypoxia-inducible factor in complex with Zn(II) and 2-(3-hydroxy-2-((2-((naphthalen-2-ylmethyl)sulfonyl)acetyl)imino)-2,3-dihydrothiazol-4-yl)acetic acid | |||||||||
要素 | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / factor-inhibiting hypoxia-inducible factor / FIH / 2OG dependent dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakashima, Y. / Corner, T.P. / Teo, R.Z.R. / Brewitz, L. / Schofield, C.J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: Structure-guided optimisation of N -hydroxythiazole-derived inhibitors of factor inhibiting hypoxia-inducible factor-alpha. 著者: Corner, T.P. / Teo, R.Z.R. / Wu, Y. / Salah, E. / Nakashima, Y. / Fiorini, G. / Tumber, A. / Brasnett, A. / Holt-Martyn, J.P. / Figg Jr., W.D. / Zhang, X. / Brewitz, L. / Schofield, C.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k71.cif.gz | 191.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k71.ent.gz | 127.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k71_validation.pdf.gz | 802.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k71_full_validation.pdf.gz | 805.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8k71_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k71_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k71 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k72C 8k73C 4b7kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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-非ポリマー , 5種, 94分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-VIZ / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.27 mM FIH, 0.5 mM zinc acetate, 2 mM BNS, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 6%w/v PEG400, 1.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→86.59 Å / Num. obs: 27886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 61.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 4.05 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1363 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4B7K 解像度: 2.23→61.23 Å / SU ML: 0.3692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1653 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→61.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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