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- PDB-8jdn: Crystal structure of H405A mLDHD in complex with D-2-hydroxyvaler... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jdn
タイトルCrystal structure of H405A mLDHD in complex with D-2-hydroxyvaleric acid
要素Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-lactate dehydrogenase / LDHD / 2-hydroxyacid
機能・相同性
機能・相同性情報


D-lactate dehydrogenase (cytochrome) / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / Mitochondrial protein import / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / ATP biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / FAD binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (2R)-2-oxidanylpentanoic acid / Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870723 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030305 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Lactate dehydrogenase D is a general dehydrogenase for D-2-hydroxyacids and is associated with D-lactic acidosis.
著者: Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2893
ポリマ－50,3861
非ポリマー9042
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.464, 103.095, 122.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

21A-914-

HOH

31A-967-

HOH

41A-975-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial / DLD / Lactate dehydrogenase D


分子量: 50385.789 Da / 分子数: 1 / 変異: H405A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ldhd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7TNG8, D-lactate dehydrogenase (cytochrome)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UE3 / (2R)-2-oxidanylpentanoic acid / (2R)-2-hydroxypentanoic acid / (R)-2-ヒドロキシペンタン酸


分子量: 118.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4.0 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→67.85 Å / Num. obs: 72530 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 526815
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Num. measured all: 33311 / Num. unique obs: 9484 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.27 / Rrim(I) all: 0.55 / Χ2: 0.74 / Net I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→37.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 3609 4.98 %
Rwork0.1717 --
obs0.1726 72512 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→37.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3413 0 61 379 3853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0774827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.829490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007630
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.580.27031000.24142240X-RAY DIFFRACTION83
1.58-1.60.23311380.22842337X-RAY DIFFRACTION87
1.6-1.620.24371240.22222410X-RAY DIFFRACTION91
1.62-1.650.27691510.21632488X-RAY DIFFRACTION95
1.65-1.670.24641350.20952627X-RAY DIFFRACTION98
1.67-1.70.24161170.19092712X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.23061520.18922698X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.2281290.17812656X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.80.21761510.18112657X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.830.19441330.18262677X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.18171440.18292692X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.18621250.17842671X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.960.21460.18252673X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.020.22731380.18022689X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.16931500.17172681X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.18791350.1752711X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.17541430.172670X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.310.19521660.17632679X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.410.2061410.17132700X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.540.21151270.18372708X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.70.20771460.17482697X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.910.17431460.18052730X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.20.1751340.17182729X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.660.19631430.16222732X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.610.1661320.14292778X-RAY DIFFRACTION100
4.61-37.990.1661630.16532861X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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