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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jdg | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of H405A mLDHD in complex with D-2-hydroxybutanoic acid | |||||||||
要素 | Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / D-lactate dehydrogenase / LDHD / 2-hydroxyacid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-lactate dehydrogenase (cytochrome) / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / Mitochondrial protein import / D-lactate dehydrogenase activity / ATP biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Lactate dehydrogenase D is a general dehydrogenase for D-2-hydroxyacids and is associated with D-lactic acidosis. 著者: Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jdg.cif.gz | 113.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jdg.ent.gz | 83.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jdg_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jdg_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jdg_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jdg_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/8jdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/8jdg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jdbC 8jdcC 8jddC 8jdeC 8jdfC 8jdnC 8jdoC 8jdpC 8jdqC 8jdrC 8jdsC 8jdtC 8jduC 8jdvC 8jdxC 8jdyC 8jdzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50385.789 Da / 分子数: 1 / 変異: H405A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ldhd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7TNG8, D-lactate dehydrogenase (cytochrome) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-UCU / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4.0 M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→31.98 Å / Num. obs: 123299 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1522281 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.34 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.013 / Num. measured all: 65876 / Num. unique obs: 9027 / CC1/2: 0.684 / Rpim(I) all: 0.398 / Rrim(I) all: 1.09 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→30.55 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→30.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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