PDB-8ivu: Crystal Structure of Human NAMPT in complex with A4276

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ivu

タイトル

Crystal Structure of Human NAMPT in complex with A4276

要素

Nicotinamide phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / NAMPT / Inhibitor / Complex / Cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09000922463 Å

データ登録者

Kang, B.G. / Cha, S.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Theranostics / 年: 2023
タイトル: Discovery of a novel NAMPT inhibitor that selectively targets NAPRT-deficient EMT-subtype cancer cells and alleviates chemotherapy-induced peripheral neuropathy.
著者: Kim, M. / Kim, H. / Kang, B.G. / Lee, J. / Kim, T. / Lee, H. / Jung, J. / Oh, M.J. / Seo, S. / Ryu, M.J. / Sung, Y. / Lee, Y. / Yeom, J. / Han, G. / Cha, S.S. / Jung, H. / Kim, H.S.

履歴

登録	2023年3月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ivu.cif.gz	453.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ivu.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ivu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ivu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ivu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8ivu_validation.xml.gz	69.8 KB	表示
CIF形式データ	8ivu_validation.cif.gz	97.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/8ivu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.560, 116.690, 195.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'A'	A	A	8 - 42	8 - 42
1	2	LYS	LYS	ASN	ASN	chain 'A'	A	A	53 - 483	53 - 483
2	3	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'B'	B	B	8 - 42	8 - 42
2	4	LYS	LYS	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	53 - 483	53 - 483
3	5	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'C'	C	C	8 - 42	8 - 42
3	6	LYS	LYS	ASN	ASN	chain 'C'	C	C	53 - 483	53 - 483
4	7	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'D'	D	D	8 - 42	8 - 42
4	8	LYS	LYS	ASN	ASN	chain 'D'	D	D	53 - 483	53 - 483

#1: タンパク質	Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin 分子量: 55594.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SJ6 / N-[[4-(6-methyl-1,3-benzoxazol-2-yl)phenyl]methyl]pyridine-3-carboxamide 分子量: 343.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化	温度: 283.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.1M sodium phosphate pH 7.0, 0.2M sodium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→29.71 Å / Num. obs: 132238 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.4049994066 Å² / R_rim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.15 Å / Num. unique obs: 12302 / CC_1/2: 0.594

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.11.1-2575-000	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09000922463→29.7083970676 Å / SU ML: 0.268400200344 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34752066661 / 位相誤差: 25.7579814875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231333965665	6612	5.00075631523 %
R_work	0.20405167256	125608	-
obs	0.205423269196	132220	99.9780716678 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.5320590098 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09000922463→29.7083970676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14920	0	164	710	15794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00248661216688	15436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.580348215053	20920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0440027358774	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00360302747559	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7697484764	9096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09001-2.1138	0.35778828212	217	0.300956969143	4138	X-RAY DIFFRACTION	99.9770431589
2.1138-2.1386	0.341080720679	217	0.309625021175	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.9538106236
2.1386-2.1647	0.314355725416	219	0.301863676503	4161	X-RAY DIFFRACTION	99.9771741612
2.1647-2.1921	0.303086878443	217	0.293665287661	4132	X-RAY DIFFRACTION	99.9310661765
2.1921-2.2209	0.350776508695	219	0.288436735861	4146	X-RAY DIFFRACTION	99.9313186813
2.2209-2.2513	0.301682091077	219	0.281290332274	4178	X-RAY DIFFRACTION	99.977262392
2.2513-2.2835	0.321396733855	216	0.278202618076	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2835-2.3176	0.278012761286	221	0.266680767409	4179	X-RAY DIFFRACTION	99.9772778914
2.3176-2.3538	0.294409333796	216	0.255355955776	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.3923	0.286054426745	219	0.261270663396	4169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4336	0.311772502964	219	0.265778397099	4161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4336-2.4778	0.266912681409	220	0.257204551526	4184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4778-2.5254	0.321296969962	217	0.252846741919	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5254-2.5769	0.2722417121	221	0.251802145103	4203	X-RAY DIFFRACTION	99.9774011299
2.5769-2.6329	0.310521545327	218	0.247484963695	4145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6329-2.6941	0.281895219605	219	0.245156288216	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6941-2.7615	0.25696335083	219	0.243686437721	4163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7615-2.8361	0.329538566597	220	0.242844313816	4172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.9195	0.29278124272	220	0.251533648358	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9195-3.0136	0.269105232746	221	0.237894442565	4187	X-RAY DIFFRACTION	99.97731912
3.0136-3.1212	0.232805630498	220	0.221741555985	4177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1212-3.246	0.266947372518	221	0.223984447015	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
3.246-3.3936	0.250599717357	220	0.222674912711	4183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3936-3.5722	0.228439449577	221	0.204424026913	4195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5722-3.7956	0.221683902561	223	0.18840115605	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7956-4.088	0.181641810035	222	0.166093662572	4210	X-RAY DIFFRACTION	99.9774419129
4.088-4.4981	0.167356901506	223	0.15040874619	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4981-5.1461	0.16701237264	225	0.142144390761	4275	X-RAY DIFFRACTION	99.977782715
5.1461-6.4724	0.18016919666	227	0.16678114423	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4724-10	0.16854107314	236	0.152085222007	4464	X-RAY DIFFRACTION	99.7241671971

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関連情報:EMDBヘッダ

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