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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i67 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 2,4-Thiazolidinedione, Form I | ||||||
要素 | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / DNA repair / Base excision repair / Inhibitor-complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / base-excision repair / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Raj, P. / Paul, A. / Gopal, B. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study ...タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study with the barbituric acid fragment. 著者: Kesharwani, S. / Raj, P. / Paul, A. / Roy, K. / Bhanot, A. / Mehta, A. / Gopal, A. / Varshney, U. / Gopal, B. / Sundriyal, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015 タイトル: Structural plasticity in Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase (MtUng) and its functional implications. 著者: Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i67.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i67.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i67_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i67_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i67_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i67_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i61C 8i62C 8i63C 8i64C 8i65C 8i66C 8i68C 8i69C 8i6aC 8i6bC 8i6cC 8i6dC 4ws4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: ung, Rv2976c, MTCY349.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFQ9, uracil-DNA glycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-OD3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG (w/v) 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→34.95 Å / Num. obs: 20377 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique obs: 2829 / CC1/2: 0.941 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WS4 解像度: 1.72→34.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.043 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.278 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→34.98 Å
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拘束条件 |
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