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万見
- PDB-8i2g: FSHR-Follicle stimulating hormone-compound 716340-Gs complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i2g
タイトルFSHR-Follicle stimulating hormone-compound 716340-Gs complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Follicle-stimulating hormone receptor
  • Follitropin subunit beta
  • Glycoprotein hormones alpha chain
  • Nb35
  • chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha and Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas
キーワードHORMONE / Follicle stimulating hormone / FSH / GPCR / Gs-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / : / progesterone biosynthetic process / regulation of hormone metabolic process / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex ...follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / : / progesterone biosynthetic process / regulation of hormone metabolic process / positive regulation of steroid biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / Thyroxine biosynthesis / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / Mineralocorticoid biosynthesis / Glycoprotein hormones / primary ovarian follicle growth / Hormone ligand-binding receptors / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Androgen biosynthesis / regulation of signaling receptor activity / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation / gonad development / intracellular water homeostasis / sperm DNA condensation / Sertoli cell development / negative regulation of organ growth / basement membrane organization / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / transcytosis / sensory perception of chemical stimulus / regulation of systemic arterial blood pressure / regulation of osteoclast differentiation / adenylate cyclase regulator activity / mu-type opioid receptor binding / thyroid hormone generation / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / positive regulation of bone resorption / G protein-coupled peptide receptor activity / beta-2 adrenergic receptor binding / negative regulation of bone resorption / organ growth / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / female gonad development / regulation of chromosome organization / uterus development / thyroid gland development / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / response to prostaglandin E / hormone-mediated signaling pathway / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ionotropic glutamate receptor binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / adenylate cyclase activator activity / locomotory behavior / female pregnancy / hormone activity / bone development / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi lumen / platelet aggregation / male gonad development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / neuron projection development / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding
類似検索 - 分子機能
Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. ...Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cystine-knot cytokine / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Leucine-rich repeat domain superfamily / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / MYRISTIC ACID / Chem-O6F / PALMITIC ACID / Glycoprotein hormones alpha chain / Follitropin subunit beta / Follicle-stimulating hormone receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Duan, J. / Xu, P. / Yang, J. / Ji, Y. / Zhang, H. / Mao, C. / Luan, X. / Jiang, Y. / Zhang, Y. / Zhang, S. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of hormone and allosteric agonist mediated activation of follicle stimulating hormone receptor.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Huibing Zhang / Xiaodong Luan / Jiaqi Yang / Xinheng He / Chunyou Mao / Dan-Dan Shen / Yujie Ji / Xi Cheng / Hualiang Jiang / Yi Jiang / Shuyang Zhang / Yan Zhang / H Eric Xu /
要旨: Follicle stimulating hormone (FSH) is an essential glycoprotein hormone for human reproduction, which functions are mediated by a G protein-coupled receptor, FSHR. Aberrant FSH-FSHR signaling causes ...Follicle stimulating hormone (FSH) is an essential glycoprotein hormone for human reproduction, which functions are mediated by a G protein-coupled receptor, FSHR. Aberrant FSH-FSHR signaling causes infertility and ovarian hyperstimulation syndrome. Here we report cryo-EM structures of FSHR in both inactive and active states, with the active structure bound to FSH and an allosteric agonist compound 21 f. The structures of FSHR are similar to other glycoprotein hormone receptors, highlighting a conserved activation mechanism of hormone-induced receptor activation. Compound 21 f formed extensive interactions with the TMD to directly activate FSHR. Importantly, the unique residue H615 in FSHR plays an essential role in determining FSHR selectivity for various allosteric agonists. Together, our structures provide a molecular basis of FSH and small allosteric agonist-mediated FSHR activation, which could inspire the design of FSHR-targeted drugs for the treatment of infertility and controlled ovarian stimulation for in vitro fertilization.
履歴
登録2023年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha and Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nb35
R: Follicle-stimulating hormone receptor
X: Glycoprotein hormones alpha chain
Y: Follitropin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,96931
ポリマ－188,9407
非ポリマー8,02924
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ARXY

#1: タンパク質 chimera of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha and Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / ...Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Extra large alphas protein / XLalphas


分子量: 30168.227 Da / 分子数: 1 / 変異: S205T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GNAS, GNAS, GNAS1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8R4A8, UniProt: Q5JWF2
#5: タンパク質 Follicle-stimulating hormone receptor / FSH-R / Follitropin receptor


分子量: 76683.680 Da / 分子数: 1 / 変異: S273I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23945
#6: タンパク質 Glycoprotein hormones alpha chain / Anterior pituitary glycoprotein hormones common subunit alpha / Choriogonadotropin alpha chain / ...Anterior pituitary glycoprotein hormones common subunit alpha / Choriogonadotropin alpha chain / Chorionic gonadotrophin subunit alpha / CG-alpha / Follicle-stimulating hormone alpha chain / FSH-alpha / Follitropin alpha chain / Luteinizing hormone alpha chain / LSH-alpha / Lutropin alpha chain / Thyroid-stimulating hormone alpha chain / TSH-alpha / Thyrotropin alpha chain


分子量: 10183.753 Da / 分子数: 1 / 変異: F17L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01215
#7: タンパク質 Follitropin subunit beta / Follicle-stimulating hormone beta subunit / FSH-B / FSH-beta / Follitropin beta chain


分子量: 12241.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01225

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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抗体 , 1種, 1分子 N

#4: 抗体 Nb35


分子量: 13885.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 2種, 5分子

#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 19分子

#9: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#10: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#11: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#13: 化合物 ChemComp-O6F / N-tert-butyl-N-ethyl-8-methoxy-9-propan-2-yloxy-1-thiophen-2-yl-5,6-dihydroimidazo[5,1-a]isoquinoline-3-carboxamide


分子量: 467.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: FSHR-Follicle stimulating hormone-compound 716340-Gs complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 477950 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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