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- PDB-8hnm: CXCR3-DNGi complex activated by VUF11222 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hnm
タイトルCXCR3-DNGi complex activated by VUF11222
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
  • single-chain variable fragment scFv16
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / VUF11222 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / T cell chemotaxis / C-C chemokine receptor activity ...Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / regulation of leukocyte migration / chemokine binding / C-X-C chemokine binding / chemokine receptor activity / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of chemotaxis / T cell chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / regulation of cell adhesion / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / negative regulation of angiogenesis / bioluminescence / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / cell chemotaxis / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / calcium-mediated signaling / response to prostaglandin E / electron transport chain / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / chemotaxis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sperm principal piece / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / signaling receptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / angiogenesis / Ca2+ pathway / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Calycin / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit ...CXC chemokine receptor 3 / Chemokine receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Calycin / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4IE / CHOLESTEROL / Soluble cytochrome b562 / C-X-C chemokine receptor type 3 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Oplophorus gracilirostris (節足動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Jiao, H.Z. / Hu, H.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100963 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the activation and inhibition of CXC chemokine receptor 3.
著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Aijun Liu / Qiang Chen / Qi Pan / Xiankun Wang / Yunong Xu / Ying-Chih Chiang / Ruobing Ren / Hongli Hu /
要旨: The chemotaxis of CD4 type 1 helper cells and CD8 cytotoxic lymphocytes, guided by interferon-inducible CXC chemokine 9-11 (CXCL9-11) and CXC chemokine receptor 3 (CXCR3), plays a critical role in ...The chemotaxis of CD4 type 1 helper cells and CD8 cytotoxic lymphocytes, guided by interferon-inducible CXC chemokine 9-11 (CXCL9-11) and CXC chemokine receptor 3 (CXCR3), plays a critical role in type 1 immunity. Here we determined the structures of human CXCR3-DNG complexes activated by chemokine CXCL11, peptidomimetic agonist PS372424 and biaryl-type agonist VUF11222, and the structure of inactive CXCR3 bound to noncompetitive antagonist SCH546738. Structural analysis revealed that PS372424 shares a similar orthosteric binding pocket to the N terminus of CXCL11, while VUF11222 buries deeper and activates the receptor in a distinct manner. We showed an allosteric binding site between TM5 and TM6, accommodating SCH546738 in the inactive CXCR3. SCH546738 may restrain the receptor at an inactive state by preventing the repacking of TM5 and TM6. By revealing the binding patterns and the pharmacological properties of the four modulators, we present the activation mechanisms of CXCR3 and provide insights for future drug development.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
S: single-chain variable fragment scFv16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,2148
ポリマ－191,0155
非ポリマー1,1993
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40445.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 42005.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 RS

#4: タンパク質 Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / Cytochrome b-562 / CXC-R3 / CXCR-3 / CKR-L2 / G protein-coupled receptor 9 / Interferon-inducible ...Cytochrome b-562 / CXC-R3 / CXCR-3 / CKR-L2 / G protein-coupled receptor 9 / Interferon-inducible protein 10 receptor / IP-10 receptor / 19kOLase


分子量: 72918.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Oplophorus gracilirostris (節足動物)
遺伝子: cybC, CXCR3, GPR9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P49682, UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase
#5: 抗体 single-chain variable fragment scFv16


分子量: 27784.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物 ChemComp-4IE / [4-(2-bromophenyl)phenyl]methyl-[[(1R,5S)-6,6-dimethyl-2-bicyclo[3.1.1]hept-2-enyl]methyl]-dimethyl-azanium / VUF11222


分子量: 425.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31BrN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CXCR3-VUF11222-DNGi-scFv16 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 54.31 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162856 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038968
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6312163
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d51254
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441393
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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