+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hfo | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Mycobacterium smegmatis MshC in Complex with Compound 7d | |||||||||
要素 | L-cysteine:1D-myo-inositol 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside ligase | |||||||||
キーワード | LIGASE / Rossmann fold / Inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-cysteine:1D-myo-inositol 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside ligase / cysteine-glucosaminylinositol ligase activity / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / mycothiol biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Pang, L. / Weeks, S.D. / Strelkov, S.V. | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022 タイトル: Structural Basis of Cysteine Ligase MshC Inhibition by Cysteinyl-Sulfonamides. 著者: Pang, L. / Lenders, S. / Osipov, E.M. / Weeks, S.D. / Rozenski, J. / Piller, T. / Cappoen, D. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hfo.cif.gz | 179.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hfo.ent.gz | 141.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hfo_validation.pdf.gz | 799.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8hfo_full_validation.pdf.gz | 805.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hfo_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hfo_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hfmC 8hfnC 3c8zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45508.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: mshC, cysS2, MSMEG_4189, MSMEI_4091 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS 参照: UniProt: A0QZY0, L-cysteine:1D-myo-inositol 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside ligase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-XG8 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.76 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 7, 100 mM NaCl and 2.5 mM 2-mercaptoethanol was mixed with 1 mM compound 7d and 1 mM TCEP (final concentrations) and incubated on ice for 1 hr. ...詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 7, 100 mM NaCl and 2.5 mM 2-mercaptoethanol was mixed with 1 mM compound 7d and 1 mM TCEP (final concentrations) and incubated on ice for 1 hr. Crystals of MshC in complex with compound 7d were grown in the Morpheus screen by dispensing droplets comprised of 300 nL protein mixture and 150 nL reservoir solution containing PEG550MME 20% (v/v), PEG20000 10% (w/v), Morpheus divalent 60 mM and Morpheus buffer system 3 pH 8.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7749 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→145.59 Å / Num. obs: 21805 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 438327 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.92 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 1.387 / Num. measured all: 65200 / Num. unique obs: 3164 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 1.421 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C8Z 解像度: 2.77→55.03 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→55.03 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|