- PDB-8g9e: Crystal structure of the catalytic domain of human diphosphoinosi... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 8g9e
タイトル
Crystal structure of the catalytic domain of human diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 (PPIP5K2) in complex with AMP-PNP and 5-(PCF2P)-IP5, an analog of 5-IP7
要素
Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase 2
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 14% (w/v) PEG 3350, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1 mM AMPPNP, 2 mM CdCl2, Soaking with 2mM 5-PCF2P-InsP5 under pH 5.2 for 3 days , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
解像度: 1.75→38.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1752
2023
5 %
RANDOM
Rwork
0.1241
-
-
-
obs
0.1267
38308
98.04 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK