PDB-8g7g: Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and (1-h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8g7g

タイトル

Crystal Structure of FosB from Bacillus cereus with Zinc and (1-hydroxy-2-methylpropyl)phosphonic acid

要素

Metallothiol transferase FosB

キーワード

TRANSFERASE / FosB / inhibitor / homodimer / bacillithiol-S-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / response to antibiotic / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Travis, S. / Pang, A.H. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Identification and analysis of small molecule inhibitors of FosB from Staphylococcus aureus.
著者: Travis, S. / Green, K.D. / Thamban Chandrika, N. / Pang, A.H. / Frantom, P.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S. / Thompson, M.K.

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8g7g.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8g7g.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8g7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/8g7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/8g7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8e7qC 8e7rC 8g7fC 8g7hC 8g7iC 4jh6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metallothiol transferase FosB

B: Metallothiol transferase FosB

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.234, 68.534, 69.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein 分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

#1: タンパク質

Metallothiol transferase FosB / Fosfomycin resistance protein

分子量: 16488.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: fosB, BCE_2111 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q739M9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -

-
非ポリマー , 5種, 183分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-YS8 / [(1R)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phosphonic acid 分子量: 154.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₁O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (50 mM Mg formate and 16% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate ...詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (50 mM Mg formate and 16% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate with a 1:1 ratio of each solution. Cryoprotected in its reservoir solution with 20% glycerol added prior to rapid freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/mL FosB in 20 mM HEPES buffer, pH 7.5 and 5 mM inhibitor) and reservoir solution (50 mM Mg formate and 16% (w/v) PEG 3350) were mixed in a Hampton Research VDX plate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 15452 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.154 / Χ²: 0.568 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 121114

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.23-2.27	6.6	0.552	738	0.845	0.957	0.226	0.6	0.583	98.5
2.27-2.31	6.9	0.505	750	0.817	0.948	0.204	0.547	0.52	97.9
2.31-2.35	7.3	0.485	749	0.863	0.963	0.194	0.524	0.495	99.3
2.35-2.4	7.5	0.45	753	0.888	0.97	0.177	0.485	0.528	99.5
2.4-2.45	7.8	0.466	761	0.885	0.969	0.18	0.501	0.475	99.7
2.45-2.51	7.7	0.432	752	0.945	0.986	0.168	0.465	0.488	99.9
2.51-2.57	7	0.361	776	0.928	0.981	0.147	0.391	0.513	99.9
2.57-2.64	8.1	0.332	759	0.951	0.987	0.126	0.355	0.504	100
2.64-2.72	8.4	0.3	752	0.944	0.985	0.111	0.32	0.543	100
2.72-2.81	8.7	0.267	761	0.965	0.991	0.097	0.285	0.535	100
2.81-2.91	8.6	0.221	781	0.976	0.994	0.081	0.236	0.552	100
2.91-3.03	8.5	0.203	772	0.982	0.996	0.075	0.216	0.573	100
3.03-3.16	8.3	0.157	773	0.987	0.997	0.058	0.168	0.641	100
3.16-3.33	8.3	0.137	768	0.989	0.997	0.051	0.147	0.685	99.7
3.33-3.54	7.8	0.114	771	0.991	0.998	0.044	0.122	0.695	99.7
3.54-3.81	7	0.085	778	0.994	0.998	0.034	0.092	0.707	99.9
3.81-4.2	8.5	0.072	779	0.997	0.999	0.026	0.077	0.672	100
4.2-4.8	8.5	0.054	792	0.999	1	0.02	0.057	0.605	99.9
4.8-6.05	8.1	0.053	817	0.999	1	0.02	0.057	0.515	100
6.05-50	7.2	0.042	870	0.999	1	0.017	0.046	0.513	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	8.0.004	位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JH6

4jh6

解像度: 2.23→47.185 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2461	756	4.907 %	RANDOM
R_work	0.1773	14649	-	-
all	0.181	-	-	-
obs	-	15405	99.048 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→47.185 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2324	0	25	176	2525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.661	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	1.582	5117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.591	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.126	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.2	10	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.163	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.087	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.085	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.534	2.255	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.534	2.255	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.373	4.07	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.372	4.07	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.201	2.564	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.189	2.564	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.618	4.58	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.617	4.58	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.193	24.349	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.178	24.15	2683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.286	0.299	44	0.226	990	X-RAY DIFFRACTION	90.4637
2.286-2.348	0.298	55	0.229	1012	X-RAY DIFFRACTION	98.7049
2.348-2.416	0.256	56	0.211	1003	X-RAY DIFFRACTION	99.4366
2.416-2.49	0.282	58	0.211	983	X-RAY DIFFRACTION	99.7126
2.49-2.572	0.324	54	0.205	961	X-RAY DIFFRACTION	99.9016
2.572-2.662	0.263	46	0.188	926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.662-2.762	0.264	58	0.175	878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.762-2.874	0.294	50	0.167	866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.874-3.002	0.263	36	0.178	833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.148	0.289	38	0.176	815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.148-3.317	0.257	25	0.173	767	X-RAY DIFFRACTION	99.8739
3.317-3.517	0.25	36	0.159	724	X-RAY DIFFRACTION	99.7375
3.517-3.758	0.222	27	0.154	695	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
3.758-4.057	0.187	30	0.146	642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.057-4.441	0.164	30	0.13	588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.441-4.96	0.162	39	0.129	531	X-RAY DIFFRACTION	99.8249
4.96-5.717	0.336	11	0.166	499	X-RAY DIFFRACTION	100
5.717-6.976	0.308	30	0.241	408	X-RAY DIFFRACTION	99.5455
6.976-9.76	0.226	22	0.201	323	X-RAY DIFFRACTION	99.1379
9.76-47.185	0.195	11	0.308	205	X-RAY DIFFRACTION	98.1818

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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