+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g2t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE KPC-2 D179N VARIANT IN COMPLEX WITH RELEBACTAM (IMINE HYDROLYSIS INTERMEDIATE) | ||||||
![]() | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
![]() | HYDROLASE/Inhibitor / Beta-lactamase / inhibitor / antibiotic resistance / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alsenani, T. / van den Akker, F. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exploring avibactam and relebactam inhibition of Klebsiella pneumoniae carbapenemase D179N variant: role of the Omega loop-held deacylation water. 著者: Alsenani, T.A. / Viviani, S.L. / Papp-Wallace, K.M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 99.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g2rC ![]() 2ov5S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28175.754 Da / 分子数: 1 / 変異: D179N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-YOZ / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES pH 8.0 and 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M KH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.26→29.63 Å / Num. obs: 66874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.29 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4781 / CC1/2: 0.931 / % possible all: 98.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2OV5 解像度: 1.26→27.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.598 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.705 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.26→27.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|