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- PDB-8g1q: Co-crystal structure of Compound 1 in complex with the bromodomai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g1q
タイトルCo-crystal structure of Compound 1 in complex with the bromodomain of human SMARCA4 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Transcription activator BRG1
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードGENE REGULATION / Ternary Complex / PROTACs / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / Tat protein binding / nBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / neural retina development ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / Tat protein binding / nBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / neural retina development / regulation of G0 to G1 transition / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / nucleosome disassembly / transcription elongation factor activity / regulation of nucleotide-excision repair / target-directed miRNA degradation / elongin complex / RSC-type complex / VCB complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of stem cell population maintenance / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Chromatin modifying enzymes / negative regulation of signal transduction / DNA polymerase binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / helicase activity / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lysine-acetylated histone binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / negative regulation of cell growth / kinetochore / fibrillar center / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / positive regulation of miRNA transcription / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / nervous system development / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ ...SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Elongin B / Elongin-C / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin family / Bromodomain / Ubiquitin homologues / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin domain profile. / helicase superfamily c-terminal domain / Ubiquitin-like domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-YHB / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Transcription activator BRG1 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Ghimire Rijal, S. / Wurz, R.P. / Vaish, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Affinity and cooperativity modulate ternary complex formation to drive targeted protein degradation.
著者: Wurz, R.P. / Rui, H. / Dellamaggiore, K. / Ghimire-Rijal, S. / Choi, K. / Smither, K. / Amegadzie, A. / Chen, N. / Li, X. / Banerjee, A. / Chen, Q. / Mohl, D. / Vaish, A.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Transcription activator BRG1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7687
ポリマ－55,8204
非ポリマー9483
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.163, 158.163, 44.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 HABC

#1: タンパク質 Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 14525.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

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非ポリマー , 4種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-YHB / N-(2-{4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}pyridine-4-carbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide


分子量: 818.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H50N10O5S
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 300 0.1M Bis-Tris 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.73→45.66 Å / Num. obs: 6928 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.366 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.73→4.17 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Num. unique obs: 6944 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.73→45.66 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3258 346 4.99 %
Rwork0.2347 --
obs0.2395 6928 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.73→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3399 0 67 4 3470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7554825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.289482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.73-4.70.36011690.25353236X-RAY DIFFRACTION100
4.7-45.660.30421770.22223346X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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