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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fm8 | ||||||
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タイトル | HIV-1 gp120 complex with CJF-IV-046 | ||||||
要素 | Envelope glycoprotein gp120 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / retrovirus / gp120 / entry inhibitor / structure-based drug design / small molecule / antiretroviral therapy / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | IMIDAZOLE / Chem-Y1T 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, Z. / Hendrickson, W.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Indoline CD4-mimetic compounds mediate potent and broad HIV-1 inhibition and sensitization to antibody-dependent cellular cytotoxicity. 著者: Fritschi, C.J. / Anang, S. / Gong, Z. / Mohammadi, M. / Richard, J. / Bourassa, C. / Severino, K.T. / Richter, H. / Yang, D. / Chen, H.C. / Chiu, T.J. / Seaman, M.S. / Madani, N. / Abrams, C. ...著者: Fritschi, C.J. / Anang, S. / Gong, Z. / Mohammadi, M. / Richard, J. / Bourassa, C. / Severino, K.T. / Richter, H. / Yang, D. / Chen, H.C. / Chiu, T.J. / Seaman, M.S. / Madani, N. / Abrams, C. / Finzi, A. / Hendrickson, W.A. / Sodroski, J.G. / Smith III, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fm8.cif.gz | 351.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fm8.ent.gz | 236.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fm8_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fm8_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fm8_validation.xml.gz | 63 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fm8_validation.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fm8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39755.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-Y1T / ( #4: 化合物 | ChemComp-IMD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 14% to 16% (w/v) PEG 1500, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→48.65 Å / Num. obs: 42968 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 36.85 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.877 / Num. unique obs: 2148 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.523 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.47→48.65 Å / SU ML: 0.3105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.316 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.47→48.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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