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- PDB-8fm5: HIV-1 gp120 complex with DY-III-065 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fm5
タイトルHIV-1 gp120 complex with DY-III-065
要素Envelope glycoprotein gp120
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / retrovirus / gp120 / entry inhibitor / structure-based drug design / small molecule / antiretroviral therapy / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Mainly Beta / Chem-Y2E
機能・相同性情報
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Gong, Z. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)AI150471-25 8117 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Indoline CD4-mimetic compounds mediate potent and broad HIV-1 inhibition and sensitization to antibody-dependent cellular cytotoxicity.
著者: Fritschi, C.J. / Anang, S. / Gong, Z. / Mohammadi, M. / Richard, J. / Bourassa, C. / Severino, K.T. / Richter, H. / Yang, D. / Chen, H.C. / Chiu, T.J. / Seaman, M.S. / Madani, N. / Abrams, C. ...著者: Fritschi, C.J. / Anang, S. / Gong, Z. / Mohammadi, M. / Richard, J. / Bourassa, C. / Severino, K.T. / Richter, H. / Yang, D. / Chen, H.C. / Chiu, T.J. / Seaman, M.S. / Madani, N. / Abrams, C. / Finzi, A. / Hendrickson, W.A. / Sodroski, J.G. / Smith III, A.B.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Envelope glycoprotein gp120
A: Envelope glycoprotein gp120
C: Envelope glycoprotein gp120
B: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,12634
ポリマ－159,0234
非ポリマー8,10330
水3,765209
1
D: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6718
ポリマ－39,7561
非ポリマー1,9157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8929
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,1368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8929
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,1368
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6718
ポリマ－39,7561
非ポリマー1,9157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.520, 121.660, 195.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein gp120


分子量: 39755.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-Y2E / 3,3,3-trifluoropropyl (2R,3S)-2-(carbamimidamidomethyl)-3-[2-(4-chloro-3-fluoroanilino)(oxo)acetamido]-6-[(methylamino)methyl]-2,3-dihydro-1H-indole-1-carboxylate


分子量: 587.954 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26ClF4N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% to 16% (w/v) PEG 1500, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→48.81 Å / Num. obs: 88049 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 30.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.88→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.666 / Num. unique obs: 4402 / CC1/2: 0.567 / Rpim(I) all: 0.514

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→48.81 Å / SU ML: 0.2991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.6872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 2000 2.27 %
Rwork0.2672 86034 -
obs0.2676 88034 63.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10508 0 524 209 11241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012411260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.388315294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.14331774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.03731942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.98051600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.930.554450.4421218X-RAY DIFFRACTION2.3
1.93-1.980.3159150.3499655X-RAY DIFFRACTION6.91
1.98-2.040.3622260.34641135X-RAY DIFFRACTION11.85
2.04-2.110.3755450.35971883X-RAY DIFFRACTION19.75
2.11-2.180.3377760.35233311X-RAY DIFFRACTION34.79
2.18-2.270.33111120.33984765X-RAY DIFFRACTION49.8
2.27-2.370.37071550.33936711X-RAY DIFFRACTION69.98
2.37-2.50.39272050.35128820X-RAY DIFFRACTION92.09
2.5-2.650.36072240.33479632X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.860.32272240.31549641X-RAY DIFFRACTION99.98
2.86-3.150.32892250.29959646X-RAY DIFFRACTION99.98
3.15-3.60.32572260.26689716X-RAY DIFFRACTION99.98
3.6-4.540.2412270.21699783X-RAY DIFFRACTION99.96
4.54-48.810.20272350.207910118X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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