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- PDB-8fji: Crystal structure of RalA in a covalent complex with SOF-367 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fji
タイトルCrystal structure of RalA in a covalent complex with SOF-367
要素Ras-related protein Ral-A
キーワードHYDROLASE / RalA / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane raft localization / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / regulation of exocytosis / Flemming body / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / myosin binding ...membrane raft localization / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / regulation of exocytosis / Flemming body / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / myosin binding / exocytosis / cleavage furrow / p38MAPK events / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / small monomeric GTPase / G protein activity / synaptic membrane / neural tube closure / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic vesicle membrane / receptor internalization / GDP binding / chemotaxis / ATPase binding / Ras protein signal transduction / cell cycle / cell division / focal adhesion / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / cell surface / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-Y0M / Ras-related protein Ral-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Landgraf, A.D. / Yeh, I.-J. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA197928 米国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Exploring Covalent Bond Formation at Tyr-82 for Inhibition of Ral GTPase Activation.
著者: Landgraf, A.D. / Yeh, I.J. / Ghozayel, M.K. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.O.
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ras-related protein Ral-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2726
ポリマ－21,3041
非ポリマー9685
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.767, 104.630, 55.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-304-

HOH

21B-412-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Ral-A / RalA GTPase


分子量: 21303.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALA, RAL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P11233, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-Y0M / 8-[fluoro(dihydroxy)-lambda~4~-sulfanyl]-N-(2-methoxypyridin-3-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-sulfonamide


分子量: 404.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13FN2O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Ca(Ac)2 0.1 M pH 5.5 PEG3350 18-22%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→55.07 Å / Num. obs: 32302 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 12.99 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1559 / CC1/2: 0.596 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 1.085 / Rsym value: 0.976 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→55.07 Å / SU ML: 0.1485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.4316
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 1531 4.86 %
Rwork0.1833 29959 -
obs0.1845 31490 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→55.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1365 0 56 195 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12192091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7153224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.530.27411380.23122706X-RAY DIFFRACTION99.23
1.53-1.580.23781390.20712716X-RAY DIFFRACTION99.55
1.58-1.650.24541360.19172735X-RAY DIFFRACTION99.72
1.65-1.720.18841350.18012734X-RAY DIFFRACTION99.76
1.72-1.810.19781880.16492697X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.930.30441410.26062491X-RAY DIFFRACTION91.14
1.93-2.070.20381530.17632716X-RAY DIFFRACTION99.27
2.07-2.280.24371340.23682615X-RAY DIFFRACTION94.66
2.28-2.610.18381370.15582771X-RAY DIFFRACTION100
2.61-3.290.16221100.16372845X-RAY DIFFRACTION100
3.29-55.070.18971200.1642933X-RAY DIFFRACTION99.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25018862450.1826198300841.466114091851.052157113950.7695428906212.064810214440.07008300140670.364064434614-0.152669149381-0.3381836933190.01249379625450.1035023079520.349011357387-0.137076397517-0.1002653141250.199019112601-0.00110414108259-0.02799144663470.146787658288-0.02515347197520.101661450768-18.50126311428.59122044471-22.4977627776
21.02184745597-0.5429565531511.456540414980.901354038328-0.8303662154033.04630658812-0.0496249796266-0.04529576291090.101927639381-0.0350455513537-0.0510380078627-0.024336357038-0.0306997460204-0.2425630277160.08343358006280.08913086935720.000481579472892-0.009792656875730.133536744107-0.007568585381320.120905248954-23.991707815715.4969992611-9.19271182719
30.934011366006-0.2484027151020.2092906059467.69233319519-2.665976399452.34668999353-0.0305865580515-0.1832005145360.134981957060.02533474536850.1531724367460.715928537540.133039891807-0.646754220135-0.1202087642690.101861496692-0.01322413517670.006198903241210.285657388343-0.02486634490080.195454611247-30.538634278715.5743420809-6.25314910562
42.122404386111.88283881255-1.686412240263.38957001134-3.052451596945.43252114711-0.06337284761090.265401870810.0232291793671-0.2792804169350.1664746066860.1520635439170.228681522388-0.666605698228-0.1045710710640.1278887932650.0105741709803-0.03213020141290.16747980286-0.005970987717280.130879258854-21.763837598513.4306879245-22.4541331898
52.81112927512-1.244293400261.621733593317.584011516980.3522066612071.10057913828-0.0463446868951-0.241871528754-0.1522640280490.0282423958440.1079111195550.37167325597-0.0130760712071-0.0851745808533-0.06295639342310.141815515557-0.007911913106410.008956371475960.1152482313950.01736982131150.123795891486-20.388377598-3.17691384574-8.57805817021
60.975173421076-0.1542973157230.0371163880661.625589574510.01574374636941.64882629165-0.0414714494732-0.030565483936-0.03732334386360.0042227103954-0.00926814478697-0.04967414950040.1006806115820.01137072650170.03405233101790.07500819474060.005333877438610.007221761227770.07139046295830.003911277370360.089440097196-12.12378088297.62700643647-3.92406944749
71.690728623380.4223862502641.031121555051.07771986745-0.4428214567251.14013321964-0.1010666307010.0629379395878-0.296500246339-0.0825003014999-0.013025069313-0.05742565267850.1929067681760.2029008010460.09339308368140.1264510598710.01764372029370.02576064142730.06714139898820.01939552739960.126172259109-7.055498060638.06639028657-11.7466659414
82.345846185920.03686644134212.441914342753.69823525909-0.2404106564012.640610976710.0891533825968-0.0582993587518-0.008405981187670.0831373739802-0.03355980477440.00943025838391-0.0312274456739-0.0530195457139-0.05027495134130.1162394824950.02868026878350.005681047733420.0862545441354-0.02140178012990.110977240267-15.118988937323.22612834053.91546882897
95.87807220361-3.21344559709-2.455301050094.646366559443.857538262957.38863213463-0.0591250484637-0.4841733905740.2155084188550.02072728467210.220870753638-0.238216058064-0.2456234564550.406591900532-0.1276507899640.0949311304726-0.0106307712637-0.01779409176240.131707338359-0.01412830928530.13522539309-1.9017126030616.0639353183-1.3167439059
106.78025911971-4.587592756280.2309852255335.844554943830.0730376201051.731752262550.02285085910740.05212497237790.121942134896-0.104650122276-0.0544366142324-0.0151928959753-0.169859746661-0.06143656380670.01983258377050.0742205500437-0.0079689056463-0.01012092870060.0465506052436-0.001830194811480.058149371223-12.713319562119.8984489677-7.74523433157
115.8253394867-0.376325712748-1.756896325840.9650887993820.222387274125.69849708319-0.03712234653830.136755999269-0.108080883438-0.082982183329-0.0529116646445-0.09071751285780.0971703618139-0.009371864888370.08831720932120.08874056572830.00571012566024-0.0142167893610.05809806614980.01973104819350.0936791104053-11.808119156515.4273194493-19.2436148254
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 10 through 20 )10 - 201 - 11
22chain 'B' and (resid 21 through 36 )21 - 3612 - 27
33chain 'B' and (resid 37 through 48 )37 - 4828 - 39
44chain 'B' and (resid 49 through 68 )49 - 6840 - 59
55chain 'B' and (resid 69 through 85 )69 - 8560 - 76
66chain 'B' and (resid 86 through 115 )86 - 11577 - 106
77chain 'B' and (resid 116 through 127 )116 - 127107 - 118
88chain 'B' and (resid 128 through 138 )128 - 138119 - 129
99chain 'B' and (resid 139 through 148 )139 - 148130 - 139
1010chain 'B' and (resid 149 through 163 )149 - 163140 - 154
1111chain 'B' and (resid 164 through 179 )164 - 179155 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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