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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fhm | ||||||
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タイトル | RNase A-Uridine 5'-Hexaphosphate (RNaseA.p6U) | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / RNase A / oligophosphate / inhibitor / nucleoside hexaphosphate / protein-ligan complex / RNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 溶液散乱 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Park, G. / Cummins, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2024 タイトル: Pentaphosphorylation via the Anhydride of Dihydrogen Pentametaphosphate: Access to Nucleoside Hexa- and Heptaphosphates and Study of Their Interaction with Ribonuclease A. 著者: Park, G. / Wralstad, E.C. / Faginas-Lago, N. / Qian, K. / Raines, R.T. / Bistoni, G. / Cummins, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fhm.cif.gz | 200.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fhm.ent.gz | 134.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fhm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fhm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Chain C U6F U6F U6F / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG4000, 20 mM citrate, pH 6, crystal soaked in 50 mM ligand, 30% PEG4000, 25% glycerol, 20 mM citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.544178 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.544178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→30.93 Å / Num. obs: 22299 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 17.13 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 3.13 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.86 Å / Num. unique obs: 22299 / Rsym value: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1AFU 解像度: 1.79→30.93 Å / SU ML: 0.214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7391 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→30.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.8943519672 Å / Origin y: -0.591650368591 Å / Origin z: 21.2729051685 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |