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万見
- PDB-8fbm: Crystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fbm
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitor 1
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / NMT / inhibitor / Myristoyl-CoA / MyrCoA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANOYL-COA / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-XOF / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Staker, B.L. / Fenwick, M.K. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155536 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023
タイトル: Identification of and Structural Insights into Hit Compounds Targeting N -Myristoyltransferase for Cryptosporidium Drug Development.
著者: Fenwick, M.K. / Reers, A.R. / Liu, Y. / Zigweid, R. / Sankaran, B. / Shin, J. / Hulverson, M.A. / Hammerson, B. / Fernandez Alvaro, E. / Myler, P.J. / Kaushansky, A. / Van Voorhis, W.C. / Fan, E. / Staker, B.L.
履歴
登録2022年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22024年9月4日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_bond ...audit_author / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag ..._audit_author.name / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,66319
ポリマ－101,4342
非ポリマー4,22817
水16,736929
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7769
ポリマ－50,7171
非ポリマー2,0598
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,88610
ポリマ－50,7171
非ポリマー2,1699
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.036, 88.332, 98.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase


分子量: 50717.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_320
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5CV46

-
非ポリマー , 7種, 946分子

#2: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XOF / 2-chloro-5-[ethyl(phenyl)sulfamoyl]-N-[2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]benzamide


分子量: 497.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24ClN3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CrpaA.18219.a.A10.PS38408 at 17.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 0.8 mM compound at RT for 30 min, then mixed with 1:1 with 0.06M Magnesium chloride ...詳細: CrpaA.18219.a.A10.PS38408 at 17.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 0.8 mM compound at RT for 30 min, then mixed with 1:1 with 0.06M Magnesium chloride hexahydrate: 100 mM BisTris-HCl pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 71801 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.775 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 3602 / CC1/2: 0.614 / CC star: 0.872 / Rpim(I) all: 0.54 / Rrim(I) all: 1.094 / Χ2: 0.728 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4887精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1898 3593 5.01 %Random selection
Rwork0.1476 ---
obs0.1497 71760 99.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7028 0 272 929 8229
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3591 134 5 %
Rwork0.292 2497 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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