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- PDB-8f93: WDR5 covalently modified at Y228 by (R)-2-SF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f93
タイトルWDR5 covalently modified at Y228 by (R)-2-SF
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードGENE REGULATION/INHIBITOR / covalent inhibition / Y228 / sulfonyl fluoride / PPI / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / Neddylation / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WDR5 beta-propeller domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XKN / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Taunton, J. / Craven, G.B. / Chen, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Direct mapping of ligandable tyrosines and lysines in cells with chiral sulfonyl fluoride probes.
著者: Chen, Y. / Craven, G.B. / Kamber, R.A. / Cuesta, A. / Zhersh, S. / Moroz, Y.S. / Bassik, M.C. / Taunton, J.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_detector
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.32023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,07912
ポリマ－69,3272
非ポリマー1,75310
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.780, 103.022, 81.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.545, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34663.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (R)-2-SF modified Y228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

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非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-XKN / 3-ethynyl-5-{[(3R)-4-{1-[(2-methoxyphenyl)methyl]-1H-benzimidazole-5-carbonyl}-3-methylpiperazin-1-yl]methyl}benzene-1-sulfonyl fluoride


分子量: 560.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29FN4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32.26 Å / Num. obs: 32875 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 0.7875 / Num. unique obs: 3285 / CC1/2: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→32.26 Å / SU ML: 0.3731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1681 5.11 %
Rwork0.203 58048 -
obs0.2055 32853 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4710 0 114 97 4921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01174978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23556767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0659753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3474728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.45631400.42752549X-RAY DIFFRACTION91.68
2.34-2.370.47251480.41582677X-RAY DIFFRACTION94.77
2.37-2.420.41171400.40452702X-RAY DIFFRACTION96.27
2.42-2.460.40951590.37292722X-RAY DIFFRACTION95.71
2.46-2.510.38371450.36692643X-RAY DIFFRACTION95.35
2.51-2.560.43081480.35852761X-RAY DIFFRACTION96.17
2.56-2.610.33291440.31412642X-RAY DIFFRACTION95.51
2.61-2.670.33571320.28982740X-RAY DIFFRACTION95.32
2.67-2.740.39161580.27492607X-RAY DIFFRACTION94.37
2.74-2.810.33861300.2612668X-RAY DIFFRACTION95.11
2.81-2.90.3271680.23642702X-RAY DIFFRACTION94.91
2.9-2.990.29771390.24052584X-RAY DIFFRACTION91.59
2.99-3.10.28481280.2372629X-RAY DIFFRACTION94.1
3.1-3.220.3061190.21962722X-RAY DIFFRACTION95.21
3.22-3.370.24291340.19492661X-RAY DIFFRACTION94.01
3.37-3.550.23261350.17742621X-RAY DIFFRACTION92.92
3.55-3.770.2651530.17992555X-RAY DIFFRACTION92.2
3.77-4.060.21481270.16282577X-RAY DIFFRACTION89.83
4.06-4.460.16861330.14462410X-RAY DIFFRACTION87
4.47-5.110.16111210.13292622X-RAY DIFFRACTION92.39
5.11-6.430.20791900.15012609X-RAY DIFFRACTION93.96
6.43-32.260.16941330.14832645X-RAY DIFFRACTION93.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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