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- PDB-8eyz: Engineered glutamine binding protein bound to GLN and a cobaloxim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eyz
タイトルEngineered glutamine binding protein bound to GLN and a cobaloxime ligand
要素Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Artificial Metalloprotein / Glutamine-binding protein / Conformationally Switchable Artificial Metallorprotein / cobaloxime ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Glutamine-binding periplasmic protein GlnH, type 2 periplasmic binding protein fold / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Glutamine-binding periplasmic protein GlnH, type 2 periplasmic binding protein fold / Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / Chem-X5Z / Glutamine-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Bridwell-Rabb, J. / Boggs, D.G. / Olshansky, L. / Fatima, S. / Thompson, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138138 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Engineering a Conformationally Switchable Artificial Metalloprotein.
著者: Fatima, S. / Boggs, D.G. / Ali, N. / Thompson, P.J. / Thielges, M.C. / Bridwell-Rabb, J. / Olshansky, L.
履歴
登録2022年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
B: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
C: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
D: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
E: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
F: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
G: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
H: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
I: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
J: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
K: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
L: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,11447
ポリマ－303,05612
非ポリマー8,05835
水1,56787
1
A: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0315
ポリマ－25,2551
非ポリマー7774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9354
ポリマ－25,2551
非ポリマー6813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9354
ポリマ－25,2551
非ポリマー6813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0235
ポリマ－25,2551
非ポリマー7694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8393
ポリマ－25,2551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9314
ポリマ－25,2551
非ポリマー6773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1276
ポリマ－25,2551
非ポリマー8735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8393
ポリマ－25,2551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8393
ポリマ－25,2551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9354
ポリマ－25,2551
非ポリマー6813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8393
ポリマ－25,2551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8393
ポリマ－25,2551
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.125, 136.091, 150.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Amino acid ABC transporter substrate-binding protein / Glutamine ABC transporter substrate-binding protein GlnH / Glutamine ABC transporter substrate- ...Glutamine ABC transporter substrate-binding protein GlnH / Glutamine ABC transporter substrate-bindnig protein / Glutamine ABC transporter / periplasmic glutamine-binding protein (TC 3.A.1.3.2) / substrate-binding protein / Glutamine-binding periplasmic protein / Periplasmic glutamine-binding protein / Periplasmic glutamine-binding protein permease / Permease of periplasmic glutamine-binding protein


分子量: 25254.658 Da / 分子数: 12 / 変異: K23I, T72C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: glnH, A5U30_004091, A6592_04880, A8499_000176, A9X72_16950, AAG43_003583, ACN68_16860, ACN81_02400, ACU57_05845, AF998_000125, AM464_21485, APX88_17575, AT335_000554, AT845_002764, AW118_ ...遺伝子: glnH, A5U30_004091, A6592_04880, A8499_000176, A9X72_16950, AAG43_003583, ACN68_16860, ACN81_02400, ACU57_05845, AF998_000125, AM464_21485, APX88_17575, AT335_000554, AT845_002764, AW118_24500, AW119_03915, AWP47_29145, B6R12_003536, B6R15_002883, B6R31_003222, B6R48_003973, B6R87_003886, BANRA_01322, BANRA_01764, BEA19_14205, BER14_07540, BF481_003043, BG944_004267, BGM66_000966, BHS81_04935, BJI68_11495, BJJ90_17825, BK292_21345, BK383_19105, BLM69_000575, BMC79_000611, BMT49_05685, BMT50_00560, BMT91_20520, BN17_06101, BO068_000746, BOH76_16995, BON63_24725, BON64_24190, BON65_04740, BON66_07455, BON67_25290, BON68_02720, BON69_08400, BON70_24775, BON71_14305, BON72_22420, BON73_01195, BON74_14830, BON75_15470, BON76_25420, BON77_09375, BON78_20655, BON79_20060, BON80_12630, BON81_19085, BON82_15305, BON83_05500, BON84_13940, BON86_21740, BON87_16800, BON88_07465, BON89_22820, BON90_14295, BON91_21900, BON92_22285, BON93_04225, BON94_25770, BON95_05775, BON96_27115, BON97_10525, BON98_19710, BR158_002878, BRV02_000648, BSR05_11095, BTB68_001717, BTQ06_26205, BUO55_004168, BvCmsF30A_02312, BvCmsHHP019_04964, BvCmsKKP061_03133, BvCmsKSNP073_02686, BVL39_24445, BXT93_09325, BZL69_00955, C0P57_004641, C1Q91_004053, C2121_002453, C2M16_01565, C2R31_002978, C2U48_05980, C3F40_08525, C5N07_02720, C5Y87_11455, C9114_21285, C9160_24490, C9E67_21255, C9Z68_13890, CA593_25060, CCS08_19690, CCV12_002704, CDC27_03365, CDL36_05995, CDL37_06170, CF22_003152, CG831_000699, CHM61_001352, CIG67_24135, CO706_26845, CQ986_002219, CR538_17365, CR539_08495, CR628_003110, CTR35_001347, CV83915_00768, CWS33_06680, CX938_000617, CXJ73_000498, CY655_04230, D0X26_05085, D1912_20655, D1H34_001169, D3822_09995, D3C88_05045, D3G36_03255, D3Y67_17015, D4N09_12520, D4U49_00030, D9D43_04855, D9D77_09815, D9E34_09280, D9E49_16110, D9H94_11690, D9J03_11000, D9J61_05355, DAH17_03825, DAH18_19240, DAH19_07490, DAH20_21020, DAH21_16625, DAH22_20195, DAH23_12545, DAH24_12625, DAH25_13880, DAH26_12570, DAH27_27195, DAH28_26570, DAH29_21215, DAH30_24830, DAH31_23660, DAH32_25755, DAH33_16740, DAH34_00565, DAH35_19590, DAH36_01785, DAH37_00035, DAH38_23920, DAH40_16855, DAH41_26115, DAH42_14420, DAH43_13740, DAH45_14115, DAH46_16030, DAH47_10645, DAH48_08930, DAH49_15255, DAH50_02775, DD762_19985, DEN86_16580, DEN87_25365, DEN88_18460, DEN89_18240, DEN90_15895, DEN91_18520, DEN92_25370, DEN93_25685, DEN94_25170, DEN95_25645, DEN96_14460, DEN97_05945, DEN98_14610, DEN99_03305, DEO00_15605, DEO01_16930, DEO02_15845, DEO03_02745, DEO04_17445, DEO05_17315, DEO06_16065, DEO07_16850, DEO08_10875, DEO09_17170, DEO10_17430, DEO11_17320, DEO12_17235, DEO13_25310, DEO14_25015, DEO15_18570, DEO17_18420, DEO18_14095, DEO19_25855, DEO20_09480, DIV22_24420, DKP82_24310, DM870_16080, DN627_03140, DNX30_21735, DRW19_18320, DS732_09030, DTL43_10730, DTL90_03445, DTM45_05760, DU321_00670, DXT69_17235, DXT70_03865, DXT71_08710, DXT73_10050, E0I42_20880, E2112_02675, E2113_01945, E2114_18730, E2115_17055, E2116_04330, E2117_24095, E2118_16300, E2119_12420, E2120_04215, E2121_18185, E2122_15175, E2123_15570, E2124_10840, E2125_18565, E2127_00470, E2128_04955, E2129_10405, E2130_05520, E2131_16230, E2132_01450, E2133_04840, E2134_04965, E2135_16085, E2136_14980, E2646_20010, E3O05_01530, E4K51_02810, E4T14_00550, E4T84_17465, E5H86_25390, E5M02_22525, E5P22_03440, E5P23_09650, E5P24_07820, E5P25_14380, E5P26_02375, E5P27_03730, E5P28_05135, E5P29_02255, E5P30_11875, E5P31_05030, E5P32_00405, E5P33_13470, E5P34_03095, E5P35_02485, E5P36_15665, E5P37_20315, E5P39_19970, E5P40_02695, E5P41_16665, E5P42_12050, E5P43_17005, E5P44_18530, E5P45_22380, E5P46_16045, E5P47_19935, E5P48_15405, E5P49_19430, E5P50_22740, E5P51_16920, E5S34_18760, E5S35_18835, E5S36_04930, E5S37_23235, E5S38_16415, E5S39_18510, E5S43_19010, E5S44_19440, E5S45_23380, E5S46_22040, E5S47_18610, E5S48_18775, E5S51_14615, E5S52_10650, E5S53_16880, E5S54_25355, E5S55_16870, E5S56_20090, E5S57_09335, E5S58_12745, E5S61_14780, E5S62_04320, E6C80_01100, E6D34_16620, EA239_02055, EA435_03075, EAI46_17535, EAN77_08520, EAX79_16230, EC1094V2_3069, EC95NR1_05084, ECs0889, ED648_06680, EHD79_17160, EI021_00555, EIA08_01310, EIZ93_04910, EKI52_06410, EL79_3071, EL80_3032, ELT16_02415, ELT17_17330, ELT20_02820, ELT21_01480, ELT22_07560, ELT23_02015, ELT24_02785, ELT25_04925, ELT26_09185, ELT27_07495, ELT28_15430, ELT29_09190, ELT30_04155, ELT31_02235, ELT32_01320, ELT33_01125, ELT34_02155, ELT35_01150, ELT36_07860, ELT38_02015, ELT39_12720, ELT40_06625, ELT41_10995, ELT44_00485, ELT45_07655, ELT46_05645, ELT48_02765, ELT49_11575, ELT50_00370, ELT51_04720, ELT52_01735, ELT54_03790, ELT55_02630, ELT56_04370, ELT58_13405, ELT59_01975, ELT60_02685, ELT61_00525, ELT63_00400, ELT72_09395, ELU07_01290, ELU82_01275, ELU83_00030, ELU85_01090, ELU88_02755, ELU89_06090, ELU90_16660, ELU91_09660, ELU94_20245, ELU95_04135, ELU96_01710, ELU97_02075, ELU98_07325, ELU99_17975, ELV00_00990, ELV01_02685, ELV02_04500, ELV03_02685, ELV04_09130, ELV05_01070, ELV07_02685, ELV08_05490, ELV09_09705, ELV10_03635, ELV11_00495, ELV12_17700, ELV13_05135, ELV15_08005, ELV16_06920, ELV20_01690, ELV21_07280, ELV22_03390, ELV23_04940, ELV26_19830, ELV28_13395, ELV29_14030, ELV40_13070, ELX48_20960, ELX61_08885, ELX66_13645, ELX68_03535, ELX69_04805, ELX76_06605, ELX79_08650, ELX85_04825, ELX96_24945, ELY02_21695, ELY32_15660, ELY36_07870, ELY39_10000, ELY41_22740, ELY48_10875, EN85_004581, ERS085406_04011, ERS139208_02685, EWK56_11475, ExPECSC038_02876, EXX13_17615, EYV17_11920, EYV18_03835, F0L67_04275, F2N20_02135, F2N31_03410, F3N40_12265, F7F11_11485, F7N46_08470, F9413_07780, F9461_01305, F9B07_02710, F9S83_08475, F9V24_04485, F9X20_12650, FDM60_08540, FE584_14605, FE587_14715, FEJ01_13600, FFF58_04660, FGG80_18845, FHO90_02740, FHQ91_05095, FIJ20_11900, FJQ40_17745, FJQ51_03360, FJQ53_08590, FKO60_07285, FOI11_009340, FOI11_10705, FPI65_04950, FPJ29_13820, FPS11_01585, FQF29_02765, FV293_02200, FVB16_07150, FWK02_14955, FY127_05225, FZC17_24290, FZN31_16475, FZU14_07000, G3813_001838, G3V95_03410, G3W53_12740, G4A38_09725, G4A47_02555, G5603_02180, G7630_000206, G9448_06715, GAI66_11760, GAI89_13630, GAJ12_17235, GAJ26_02185, GF147_05165, GF699_09700, GFY34_01840, GIB53_03185, GJ11_04510, GJO56_05855, GKF66_09425, GKF89_13835, GNW61_02415, GNZ05_09120, GOP25_10140, GP711_00870, GP944_02795, GP965_17210, GP979_15650, GQM04_08380, GQM13_17840, GQM21_08920, GQN34_06325, GQW07_06480, GQW68_09320, GQW80_16390, GRC73_03245, GRO95_00200, GRW05_01550, GRW24_15895, GRW56_11730, GRW57_13110, GSM54_17415, GSY44_21500, GTP88_11170, GUC01_03260, GUI33_12255, H0O37_11575, H0O39_10830, H0O72_02630, HEP30_007075, HEP34_000682, HHH44_004674, HI055_001651, HIE29_000308, HIN64_003897, HJQ60_003183, HJU54_001291, HKA49_004171, HL563_07185, HL601_10425, HLV18_05320, HLX92_21635, HLZ50_00225, HmCms169_02183, HMJ82_04430, HMV95_02550, HMW38_01730, HNC36_00575, HNC59_02155, HNC66_13445, HNC99_06490, HND12_01310, HV109_16015, HV209_04855, HVV39_21020, HVW04_06960, HVW19_18030, HVW43_08305, HVY77_17775, HVZ71_16640, HX136_17495, I6H00_09980, I6H01_21610, I6H02_22350, IA00_002027, IFB95_003951, IH768_00950, IH772_11995, IT029_003785, J0541_000988, J4S20_005071, J5U05_002124, JE86ST02C_09210, JE86ST05C_09750, JFD_02409, JNP96_08670, NCTC10082_05067, NCTC10089_03418, NCTC10090_00382, NCTC10418_05048, NCTC10429_05756, NCTC10865_04252, NCTC11181_00607, NCTC12950_03687, NCTC13127_04610, NCTC13216_03355, NCTC4450_03842, NCTC7922_06781, NCTC7927_03810, NCTC7928_05513, NCTC8008_02951, NCTC8009_06196, NCTC8179_02263, NCTC8333_03962, NCTC8450_01827, NCTC8500_03700, NCTC8621_03555, NCTC8959_00379, NCTC8960_00488, NCTC9001_01370, NCTC9036_03440, NCTC9037_03540, NCTC9075_04560, NCTC9111_03455, NCTC9702_03882, NCTC9706_00702, NCTC9775_01675, NCTC9777_03409, NCTC9962_02368, ND22_002874, RG28_00455, SAMEA3472044_00248, SAMEA3472056_00231, SAMEA3472147_02754, SAMEA3751407_00314, SAMEA3752557_02233, SAMEA3753106_00906, TUM18780_29030, WP4S18E07_30170, WR15_25350, XU56_002013
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3THM2

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非ポリマー , 5種, 122分子

#2: 化合物
ChemComp-X5Z / AZIDOBIS (DIMETHYLGLYOXIMATO) PYRIDINECOBALT


分子量: 438.328 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H23CoN8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris (pH=7.5), 0.2 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 61098 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 69.72 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.86
反射 シェル解像度: 2.99→3.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 9748 / CC1/2: 0.693 / Rrim(I) all: 0.901 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WDN

1wdn


解像度: 2.99→41.9 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.5656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 6119 10.02 %
Rwork0.2326 54925 -
obs0.2359 61044 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20776 0 406 87 21269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005121548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.893529159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06053193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00433689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.29787954
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.030.50341950.44621739X-RAY DIFFRACTION94.43
3.03-3.060.41022030.35721795X-RAY DIFFRACTION99.8
3.06-3.10.41691990.35471832X-RAY DIFFRACTION99.95
3.1-3.140.39422100.3451854X-RAY DIFFRACTION99.85
3.14-3.180.3552020.33241817X-RAY DIFFRACTION99.8
3.18-3.220.37512020.33081816X-RAY DIFFRACTION99.95
3.22-3.270.36112060.30271861X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.320.3781970.30651804X-RAY DIFFRACTION99.8
3.32-3.370.32722050.27411839X-RAY DIFFRACTION99.9
3.37-3.430.33322050.28831837X-RAY DIFFRACTION99.95
3.43-3.480.3371960.28871804X-RAY DIFFRACTION99.9
3.48-3.550.34182060.28661841X-RAY DIFFRACTION99.8
3.55-3.620.28252070.2651857X-RAY DIFFRACTION99.95
3.62-3.690.29011960.24441808X-RAY DIFFRACTION99.85
3.69-3.770.26922050.24981849X-RAY DIFFRACTION99.81
3.77-3.860.27192010.23271804X-RAY DIFFRACTION99.95
3.86-3.950.26642070.2351861X-RAY DIFFRACTION99.9
3.95-4.060.28242020.22381801X-RAY DIFFRACTION99.85
4.06-4.180.24532070.20791861X-RAY DIFFRACTION99.9
4.18-4.310.22742030.19371833X-RAY DIFFRACTION99.8
4.31-4.470.27352030.20721813X-RAY DIFFRACTION99.85
4.47-4.650.22992060.1811844X-RAY DIFFRACTION100
4.65-4.860.20242080.17951857X-RAY DIFFRACTION99.9
4.86-5.110.20782070.1831801X-RAY DIFFRACTION99.9
5.11-5.430.22412070.19391871X-RAY DIFFRACTION99.95
5.43-5.850.24592020.20931839X-RAY DIFFRACTION99.85
5.85-6.440.25742050.23541827X-RAY DIFFRACTION99.95
6.44-7.370.24682130.21731868X-RAY DIFFRACTION99.9
7.37-9.260.18492050.19291857X-RAY DIFFRACTION99.71
9.27-41.90.21152090.20181835X-RAY DIFFRACTION96.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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