PDB-8exg: Human Carbonic Anhydrase II bound N-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8exg

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II bound N-(2-(2-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)ethoxy)ethyl)-4-sulfamoylbenzamide

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / targeted protein degrader / PROTAC / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Kohlbrand, A.J. / O'Herin, C.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Development of Human Carbonic Anhydrase II Heterobifunctional Degraders.
著者: O'Herin, C.B. / Moriuchi, Y.W. / Bemis, T.A. / Kohlbrand, A.J. / Burkart, M.D. / Cohen, S.M.

履歴

登録	2022年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8exg.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8exg.ent.gz	93.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8exg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8exg_validation.pdf.gz	737.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8exg_full_validation.pdf.gz	743.3 KB	表示
XML形式データ	8exg_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	8exg_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/8exg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/8exg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8emuC 8excC 8eylC 4e49S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.207, 41.659, 71.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.268, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-X38 / (4S)-5-amino-4-{1,3-dioxo-4-[(2-{2-[2-(4-sulfamoylbenzamido)ethoxy]ethoxy}ethyl)amino]-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}-5-oxopentanoic acid 分子量: 605.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₁N₅O₁₀S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸分子量: 321.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅HgO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.6-3.0 M Ammonium sulfate in 50 mM Tris-Sulfate (pH 8)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→40.91 Å / Num. obs: 32102 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.13→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6527 / CC_1/2: 0.748 / R_rim(I) all: 0.736

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
APEX		データ削減
APEX		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 4.0E+49 / 解像度: 1.99→40.91 Å / SU ML: 0.2043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	3200	9.97 %
R_work	0.1872	28902	-
obs	0.1907	32102	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	53	140	2242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	2176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8739	2956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0542	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	382
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3423	289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.02	0.2715	129	0.2634	1141	X-RAY DIFFRACTION	90.65
2.02-2.06	0.258	126	0.2463	1236	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.06-2.09	0.3059	161	0.2366	1228	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.09-2.13	0.2527	118	0.2073	1276	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.13-2.16	0.2589	158	0.2261	1226	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.16-2.21	0.2103	125	0.2078	1263	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.21-2.25	0.268	133	0.2099	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.25-2.3	0.2406	147	0.1921	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.35	0.2381	141	0.1984	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.244	161	0.188	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.48	0.2628	115	0.1953	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.55	0.2975	156	0.196	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.63	0.2392	123	0.1883	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.1952	154	0.1754	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.84	0.235	132	0.1777	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.97	0.2026	156	0.1801	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.12	0.2106	139	0.1678	1236	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.12-3.32	0.1999	136	0.1644	1260	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.32-3.57	0.1781	133	0.168	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.93	0.2112	141	0.1502	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.5	0.1879	143	0.1553	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-5.67	0.1879	137	0.1929	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-40.91	0.2382	136	0.2157	1278	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.93226076052	0.0220060231962	0.933482170703	2.91541851544	1.06519700847	4.09019991353	-0.0707453720676	0.0475465444489	-0.0386599049891	-0.114826682508	-0.109945418281	-0.395509481005	0.235839516583	0.426020970161	0.162696841685	0.102745352261	0.0132987837937	0.0337627688664	0.125022586741	0.0325692178049	0.194826646628	29.738430026	-3.07917709916	16.4933721211
2	1.45853346854	-0.387115778327	0.00374506254813	1.70055908172	-0.263516944554	2.24816982469	-0.0605311911429	0.0274267123444	0.10977591767	0.0262969123937	0.114181866571	0.0703535049982	-0.263769328658	-0.0980974466757	-0.0393833233027	0.090022107095	-0.0178515348656	-0.00634738576032	0.0817839374341	0.00549132611281	0.0984639101923	7.37408655051	2.9083871612	18.1996701841
3	1.95546948024	0.251501094368	0.0266470939667	0.561808240262	0.214048637815	4.26127289742	-0.0250127767346	0.0567517746272	-0.307597568119	0.0389398621206	0.0536936165936	-0.00621395835184	0.494040410573	0.0308748456757	-0.0484767220779	0.143444824344	0.000578492725304	0.0127874173295	0.0509481908447	0.00681835773924	0.124927731509	13.2974140751	-14.6092120469	19.2262864192
4	1.31481514529	-0.0633051288969	0.0299345751841	1.28902289116	-0.0403905091334	1.75207699079	-0.0196566078008	0.0876174184507	0.0543528128808	-0.175856983839	0.0363202254939	0.0901913229819	0.00129462988875	-0.0825283364502	-0.0175584384214	0.0816097199031	-0.000945447725743	-0.0129957926529	0.0718596527826	0.00599493962921	0.0683114889234	8.1706136511	-0.0930106240469	14.7252556703
5	4.14029298572	1.21369918184	-1.08693881236	2.32927876053	-1.13055432911	2.2790033515	-0.019884074083	0.588957152558	-0.0565252882638	-0.557553971279	0.0602039793759	-0.301132831318	-0.00162400382586	0.0777004456595	-0.0834370126672	0.27730439547	0.0466446993854	0.0407149669767	0.186670727156	-0.0171087221451	0.0974396100292	16.4426831419	-10.6507661203	0.838658303219
6	2.07557635177	0.18205475948	0.463923718388	1.92726847028	0.156931083953	1.00016899608	0.060534108348	-0.349541055113	-0.0745322577087	0.161418566545	0.0402716232021	-0.169069850339	-0.0700593343348	0.106790386093	-0.0533030173115	0.0963553504393	0.00194488645836	-0.0124106319786	0.0732915859665	0.0180629018353	0.0725789297055	15.623786624	-6.73668082139	23.9620579014

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 24 )	4 - 24	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 25 through 97 )	25 - 97	22 - 94
3	3	chain 'A' and (resid 98 through 115 )	98 - 115	95 - 112
4	4	chain 'A' and (resid 116 through 219 )	116 - 219	113 - 215
5	5	chain 'A' and (resid 220 through 238 )	220 - 238	216 - 234
6	6	chain 'A' and (resid 239 through 261 )	239 - 261	235 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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