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- PDB-8exc: Human Carbonic Anhydrase II bound tert-butyl (3-(4-(3-((2-(2,6-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8exc
タイトルHuman Carbonic Anhydrase II bound tert-butyl (3-(4-(3-((2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindolin-4-yl)amino)propoxy)butoxy)propyl)carbamate
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / targeted protein degrader / PROTAC / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / regulation of intracellular pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
MERCURIBENZOIC ACID / Chem-X2U / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kohlbrand, A.J. / O'Herin, C.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI149444 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Development of Human Carbonic Anhydrase II Heterobifunctional Degraders.
著者: O'Herin, C.B. / Moriuchi, Y.W. / Bemis, T.A. / Kohlbrand, A.J. / Burkart, M.D. / Cohen, S.M.
履歴
登録2022年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3204
ポリマ－29,2891
非ポリマー1,0313
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.986, 41.222, 71.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.211, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-X2U / N-(3-{4-[3-({2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}amino)propoxy]butoxy}propyl)-4-sulfamoylbenzamide


分子量: 643.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37N5O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MBO / MERCURIBENZOIC ACID / p-メルクリオ(I)安息香酸


分子量: 321.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5HgO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.6-3.0 M Ammonium sulfate in 50 mM Tris-Sulfate (pH 8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.84 Å / Num. obs: 35992 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1798 / CC1/2: 0.928

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
APEXデータ削減
APEXデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+49 / 解像度: 1.9→34.84 Å / SU ML: 0.2061 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 3558 9.89 %
Rwork0.1768 32434 -
obs0.1816 35992 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 56 235 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17762961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5321294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.27181160.24371037X-RAY DIFFRACTION80.18
1.93-1.950.30321400.22221330X-RAY DIFFRACTION97.61
1.95-1.980.26221340.20881281X-RAY DIFFRACTION97.25
1.98-2.010.29211700.21021302X-RAY DIFFRACTION98.73
2.02-2.050.27071340.20531321X-RAY DIFFRACTION99.52
2.05-2.080.26121380.2041315X-RAY DIFFRACTION98.98
2.08-2.120.24051390.1991286X-RAY DIFFRACTION99.1
2.12-2.160.2711630.21231313X-RAY DIFFRACTION98.27
2.16-2.210.25651490.20091257X-RAY DIFFRACTION97.1
2.21-2.250.29371410.19781317X-RAY DIFFRACTION99.45
2.25-2.310.25961430.19111329X-RAY DIFFRACTION99.19
2.31-2.360.26271500.20161283X-RAY DIFFRACTION97.09
2.36-2.430.27031490.18741319X-RAY DIFFRACTION99.19
2.43-2.50.26261320.20441299X-RAY DIFFRACTION99.1
2.5-2.580.2751500.20061343X-RAY DIFFRACTION99.33
2.58-2.670.23671370.19361271X-RAY DIFFRACTION98.12
2.67-2.780.25791420.18481329X-RAY DIFFRACTION99.86
2.78-2.910.23111460.19031323X-RAY DIFFRACTION99.53
2.91-3.060.26791350.17021275X-RAY DIFFRACTION96.44
3.06-3.250.18031460.17471329X-RAY DIFFRACTION98.33
3.25-3.50.16931430.15771311X-RAY DIFFRACTION99.38
3.5-3.850.19641370.13111322X-RAY DIFFRACTION99.32
3.85-4.40.17341350.13121302X-RAY DIFFRACTION98.63
4.41-5.540.17151440.14281318X-RAY DIFFRACTION99.8
5.56-34.840.19111450.18231322X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0734808687 Å / Origin y: -1.84232947979 Å / Origin z: 16.0781817943 Å
111213212223313233
T0.109929128401 Å2-0.0102392116225 Å20.00618161369297 Å2-0.0945811196884 Å20.0102551520471 Å2--0.101128768635 Å2
L1.47760426735 °2-0.433116744078 °20.188654169669 °2-1.90595336678 °20.154142986328 °2--1.90556753597 °2
S-0.0113636823162 Å °0.0228296160798 Å °0.0855143392094 Å °-0.158287492535 Å °0.0483289957864 Å °-0.0365750812672 Å °-0.0779769793616 Å °0.0585917067958 Å °-0.0363098456703 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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