+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8euh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cytochrome P450terp (cyp108A1) bound to alpha-terpineol | ||||||
![]() | Cytochrome P450-terp | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / complex / substrate / heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gable, J.A. / Follmer, A.H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cooperative Substrate Binding Controls Catalysis in Bacterial Cytochrome P450terp (CYP108A1). 著者: Gable, J.A. / Poulos, T.L. / Follmer, A.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 147.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eukC ![]() 8eulC ![]() 1cptS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50148.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P33006, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.06 M magnesium chloride hexahyrate, 0.06 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% v/v ethylene glycol, 10% v/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→58.99 Å / Num. obs: 44104 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 32.53 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.03164 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 4262 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.2775 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CPT 解像度: 2→58.99 Å / SU ML: 0.1885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.5359 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→58.99 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|