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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8er4 | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of Chaetomium glucosidase with compound 23 | ||||||
![]() | Chaetomium alpha glucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / alpha glucosidase I / Hydrolase / Inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karade, S.S. / Mariuzza, R.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Potent Iminosugar Inhibitors of Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidase I with Anti-SARS-CoV-2 Activity. 著者: Karade, S.S. / Franco, E.J. / Rojas, A.C. / Hanrahan, K.C. / Kolesnikov, A. / Yu, W. / MacKerell Jr., A.D. / Hill, D.C. / Weber, D.J. / Brown, A.N. / Treston, A.M. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 324.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r6jC ![]() 7rd2C ![]() 7revC ![]() 8e3jC ![]() 8e3pC ![]() 8e4iC ![]() 8e4kC ![]() 8e4zC ![]() 8e5uC ![]() 8e6gC ![]() 8ecwC ![]() 8egvC ![]() 8ehpC ![]() 8eidC ![]() 8eknC ![]() 8eleC ![]() 8epjC ![]() 8epoC ![]() 8eprC ![]() 8eq7C ![]() 8eqxC ![]() 8etlC ![]() 8etoC ![]() 8eudC ![]() 8eurC ![]() 8eutC ![]() 8euxC ![]() 7t6wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 93319.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061620 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: ![]() #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 5種, 335分子 ![](data/chem/img/XG5.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-BTB / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis Tris pH 6.5, 1.6-2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.8 Å / Num. obs: 96056 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08747 / Rpim(I) all: 0.0312 / Net I/σ(I): 13.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.5998 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 8921 / CC1/2: 0.916 / Rpim(I) all: 0.2078 / % possible all: 92.96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7T6W 解像度: 2.3→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.504 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.91 Å2 / Biso mean: 43.007 Å2 / Biso min: 24.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→46.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.305→2.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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