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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8el1 | ||||||
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タイトル | Structure of MBP-Mcl-1 in complex with ABBV-467 | ||||||
要素 | Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / MBP-Mcl-1 fusion protein / inhibitor complex / ABBV-467 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / carbohydrate transport ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular homeostasis / cell fate determination / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / BH3 domain binding / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / negative regulation of anoikis / maltose binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / protein transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.406 Å | ||||||
データ登録者 | Judge, R.A. / Judd, A.S. / Souers, A.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Med (Lond) / 年: 2023 タイトル: Selective MCL-1 inhibitor ABBV-467 is efficacious in tumor models but is associated with cardiac troponin increases in patients. 著者: Yuda, J. / Will, C. / Phillips, D.C. / Abraham, L. / Alvey, C. / Avigdor, A. / Buck, W. / Besenhofer, L. / Boghaert, E. / Cheng, D. / Cojocari, D. / Doyle, K. / Hansen, T.M. / Huang, K. / ...著者: Yuda, J. / Will, C. / Phillips, D.C. / Abraham, L. / Alvey, C. / Avigdor, A. / Buck, W. / Besenhofer, L. / Boghaert, E. / Cheng, D. / Cojocari, D. / Doyle, K. / Hansen, T.M. / Huang, K. / Johnson, E.F. / Judd, A.S. / Judge, R.A. / Kalvass, J.C. / Kunzer, A. / Lam, L.T. / Li, R. / Martin, R.L. / Mastracchio, A. / Mitten, M. / Petrich, A. / Wang, J. / Ward, J.E. / Zhang, H. / Wang, X. / Wolff, J.E. / Bell-McGuinn, K.M. / Souers, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8el1.cif.gz | 399.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8el1.ent.gz | 325.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8el1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8el1_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8el1_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8el1_validation.xml.gz | 70.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8el1_validation.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8el1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8el1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ekxC 8el0C 4wmsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59136.883 Da / 分子数: 4 / 変異: K194A,K197A,R201A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): - T1R / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820 #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-WME / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% (w/v) PEG 1500, 0.1 M MIB pH 6.0 (MIB is sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole, boric acid) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.406→137.848 Å / Num. obs: 44489 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.406→2.749 Å / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2225 / CC1/2: 0.665 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WMS 解像度: 2.406→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.519 / 詳細: Used Global Phasing Staraniso data processing.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.406→45.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.41→2.61 Å
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