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万見
- PDB-8e72: Treponema lecithinolyticum beta-glucuronidase in complex with a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8.0E+72
タイトルTreponema lecithinolyticum beta-glucuronidase in complex with a ciprofloxacin-glucuronide conjugate
要素Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 2 / TIM barrel domain
機能・相同性Chem-USL / :
機能・相同性情報
生物種Treponema lecithinolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lietzan, A.D. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137286 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)TR002489 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Microbial beta-glucuronidases drive human periodontal disease etiology.
著者: Lietzan, A.D. / Simpson, J.B. / Walton, W.G. / Jariwala, P.B. / Xu, Y. / Boynton, M.H. / Liu, J. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6008
ポリマ－144,2052
非ポリマー1,3956
水11,403633
1
A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子

A: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
B: Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,19916
ポリマ－288,4094
非ポリマー2,79012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area19140 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area73880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.406, 94.406, 288.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein / beta-glucuronidase


分子量: 72102.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema lecithinolyticum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2KI81
#2: 化合物 ChemComp-USL / 3-carboxy-1-cyclopropyl-6-fluoro-7-(4-beta-D-glucopyranuronosyl-3,4-dihydropyrazin-1(2H)-yl)-4-oxo-1,4-dihydroquinoline


分子量: 505.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24FN3O9
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→89.71 Å / Num. obs: 95127 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 35.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 824185 / Scaling rejects: 54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.058.92.219123853138390.4870.7712.3531.1100
6.16-89.717.90.042585832620.9990.0150.04334.197.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DHV

8dhv


解像度: 1.95→66.76 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 2000 2.11 %
Rwork0.1843 --
obs0.1849 94955 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→66.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9424 0 92 633 10149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07813449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4223527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.34781420.30546613X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.29261430.26756624X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.32631420.24926586X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.27391430.24896633X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.260.39761400.31656549X-RAY DIFFRACTION99
2.26-2.350.3031420.2416586X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.450.28241420.20886624X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.23381430.19416634X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.750.23121430.19766671X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.25881440.20526683X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.260.2211450.18526691X-RAY DIFFRACTION99
3.26-3.730.2061350.16416307X-RAY DIFFRACTION93
3.73-4.690.14081460.12986772X-RAY DIFFRACTION98
4.69-66.760.15841500.16056982X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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