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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+72 | |||||||||
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タイトル | Treponema lecithinolyticum beta-glucuronidase in complex with a ciprofloxacin-glucuronide conjugate | |||||||||
![]() | Glycosyl hydrolase family 2, TIM barrel domain protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase family 2 / TIM barrel domain | |||||||||
機能・相同性 | Chem-USL / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lietzan, A.D. / Redinbo, M.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Microbial beta-glucuronidases drive human periodontal disease etiology. 著者: Lietzan, A.D. / Simpson, J.B. / Walton, W.G. / Jariwala, P.B. / Xu, Y. / Boynton, M.H. / Liu, J. / Redinbo, M.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 263.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 208 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72102.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MOPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→89.71 Å / Num. obs: 95127 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 35.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 824185 / Scaling rejects: 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8DHV 解像度: 1.95→66.76 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→66.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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