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- PDB-8dtj: Human NAMPT in complex with small molecule activator ZN-43-S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dtj
タイトルHuman NAMPT in complex with small molecule activator ZN-43-S
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NAD biosynthesis enzyme:activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-TKF / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.118 Å
データ登録者Ratia, K. / Xiong, R. / Shen, Z. / Thatcher, G.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG067771 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Mechanism of Allosteric Modulation of Nicotinamide Phosphoribosyltransferase to Elevate Cellular NAD.
著者: Ratia, K.M. / Shen, Z. / Gordon-Blake, J. / Lee, H. / Laham, M.S. / Krider, I.S. / Christie, N. / Ackerman-Berrier, M. / Penton, C. / Knowles, N.G. / Musku, S.R. / Fu, J. / Velma, G.R. / ...著者: Ratia, K.M. / Shen, Z. / Gordon-Blake, J. / Lee, H. / Laham, M.S. / Krider, I.S. / Christie, N. / Ackerman-Berrier, M. / Penton, C. / Knowles, N.G. / Musku, S.R. / Fu, J. / Velma, G.R. / Xiong, R. / Thatcher, G.R.J.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90710
ポリマ－113,3322
非ポリマー1,5758
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.499, 107.483, 83.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56666.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 415分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TKF / (3S)-N-[(1-benzothiophen-5-yl)methyl]-1-{2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl}piperidine-3-carboxamide


分子量: 536.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23F3N6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M NaCl, 20% glycerol and 13-18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.118→19.84 Å / Num. obs: 59407 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.12-2.181.80.499720039230.7421.484
9.23-19.843.60.03924366800.99626.589.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2e5d

2e5d


解像度: 2.118→19.668 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 2963 4.99 %
Rwork0.2162 56396 -
obs0.2177 59359 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.12 Å2 / Biso mean: 37.0681 Å2 / Biso min: 15.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.118→19.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7473 0 105 408 7986
Biso mean--42.93 40.3 -
残基数----940
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.118-2.15250.28681110.3137203474
2.1525-2.18960.33721410.30232683100
2.1896-2.22940.34311360.27272716100
2.2294-2.27220.29761510.27062700100
2.2722-2.31850.30821610.25522697100
2.3185-2.36880.30211460.25812707100
2.3688-2.42380.30861430.23832731100
2.4238-2.48430.27041430.24362686100
2.4843-2.55140.26861270.23762727100
2.5514-2.62630.28181590.22972735100
2.6263-2.71080.25071330.22552678100
2.7108-2.80750.29051640.2292689100
2.8075-2.91950.28861340.23572746100
2.9195-3.05190.28841290.23012726100
3.0519-3.21220.27061420.21512717100
3.2122-3.41250.27111440.21842716100
3.4125-3.67440.21891320.20452728100
3.6744-4.04120.19841370.18712744100
4.0412-4.61940.19881470.17552736100
4.6194-5.79510.1921420.18912712100
5.7951-19.6680.20511410.2094278899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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