PDB-8doj: Dehaloperoxidase B in complex with 3,3'-Biphenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8doj

タイトル

Dehaloperoxidase B in complex with 3,3'-Biphenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor / oxidorductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Oxidation of bisphenol A (BPA) and related compounds by the multifunctional catalytic globin dehaloperoxidase.
著者: Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8doj.cif.gz	196.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8doj.ent.gz	119.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8doj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/8doj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dogC 8dohC 8doiC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.595, 67.374, 67.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-T1I / (1P)-[1,1'-biphenyl]-3,3'-diol / 3,3'-Biphenol / 3,3′-ビフェニルジオ-ル分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→33.85 Å / Num. obs: 62722 / % possible obs: 91.24 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 27.88
反射シェル	解像度: 1.3→1.334 Å / Num. unique obs: 4592 / CC_1/2: 0.645

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.3→33.846 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.233 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	3109	4.957 %
R_work	0.1455	59613	-
all	0.148	-	-
obs	-	62722	91.24 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.493 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.641 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.149 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.492 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2145	0	122	229	2496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.794	1.695	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.663	1.599	5588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.761	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.13	10	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.706	10	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.46	10	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.642	1.573	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.642	1.573	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.235	2.374	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.236	2.376	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.69	1.924	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.696	1.924	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.216	2.746	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.219	2.744	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.865	27.33	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.755	25.442	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.3	3	5101

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.305	272	0.287	4592	0.288	5016	0.973	0.982	96.9697	0.286
1.334-1.37	0.293	226	0.247	4459	0.249	4855	0.97	0.984	96.4985	0.24
1.37-1.41	0.293	225	0.206	4336	0.21	4765	0.962	0.985	95.7188	0.195
1.41-1.453	0.255	200	0.173	4167	0.177	4617	0.97	0.987	94.5852	0.158
1.453-1.501	0.228	211	0.159	3904	0.163	4492	0.974	0.989	91.6073	0.141
1.501-1.553	0.207	201	0.135	3887	0.139	4340	0.972	0.991	94.1936	0.123
1.553-1.612	0.2	178	0.132	3733	0.135	4200	0.974	0.991	93.119	0.12
1.612-1.677	0.173	206	0.121	3551	0.124	4063	0.983	0.993	92.4686	0.111
1.677-1.752	0.164	153	0.122	3414	0.124	3871	0.983	0.993	92.1467	0.114
1.752-1.837	0.181	135	0.123	3229	0.126	3721	0.983	0.993	90.4058	0.117
1.837-1.936	0.18	177	0.124	2993	0.127	3561	0.98	0.992	89.0199	0.118
1.936-2.053	0.178	127	0.124	2717	0.126	3352	0.98	0.992	84.8449	0.122
2.053-2.194	0.167	134	0.127	2679	0.129	3152	0.983	0.992	89.2449	0.128
2.194-2.369	0.174	132	0.123	2498	0.126	2958	0.982	0.992	88.9114	0.128
2.369-2.594	0.148	115	0.112	2317	0.113	2759	0.986	0.993	88.1479	0.123
2.594-2.898	0.18	109	0.13	2071	0.133	2490	0.979	0.989	87.5502	0.147
2.898-3.343	0.17	102	0.146	1761	0.148	2203	0.979	0.987	84.5665	0.167
3.343-4.084	0.179	103	0.139	1453	0.142	1892	0.981	0.988	82.241	0.165
4.084-5.734	0.18	75	0.179	1153	0.179	1504	0.979	0.985	81.6489	0.226
5.734-33.846	0.268	28	0.232	697	0.233	906	0.961	0.973	80.0221	0.296

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関連情報:EMDBヘッダ

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